PDB-5m9b: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m9b

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / PfeA / PA2688 /

outer membrane receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / siderophore transport / outer membrane /

enterobactin binding / cell outer membrane /

signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model.
著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2016年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m9b.cif.gz	294.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m9b.ent.gz	240.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/5m9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mzsC 5nc4C 5nr2C 5outC 6i2jC 6q5eC 6r1fC 1fepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nc4-d 6i2j-d 5mzs-d 6q5e-d 5nr2-d 5out-d 6z2n-d 5nc3-d 6r1f-d 6y47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.890, 158.180, 77.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→76.83 Å / Num. obs: 62126 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.618 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fep

1fep

解像度: 2.12→76.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 10.293 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23076	3031	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19864	-	-	-
obs	0.20027	59043	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.164 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.12→76.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5435	0	44	256	5735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.951	7556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	3	11780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.509	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.922	24.391	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.563	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.881	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.682	3.162	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.629	3.153	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.469	4.716	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.469	4.716	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.372	3.506	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.371	3.506	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.49	5.137	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.622	37.087	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.627	36.817	5919
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	214	-
R_work	0.307	4359	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8451	0.246	0.0009	2.7213	-1.981	4.147	-0.0895	-0.0527	0.1338	-0.8028	0.1263	-0.0295	0.3845	-0.207	-0.0368	0.2591	-0.037	0.0067	0.0214	0.0033	0.0173	85.9009	51.9822	50.6256
2	2.5383	0.6559	1.7022	2.792	0.8851	6.7956	-0.0561	0.0287	-0.2106	-0.5047	-0.1984	-0.4744	0.7693	0.6571	0.2545	0.2481	0.1257	0.13	0.1255	0.1272	0.182	98.3093	43.8696	54.0654
3	3.676	0.5771	3.2451	1.9742	-0.4299	7.2314	0.2063	0.0001	-0.5616	-0.6	-0.0576	-0.1367	1.4636	0.2894	-0.1487	0.4703	0.07	0.042	0.0446	0.0657	0.1853	89.4388	37.7907	55.4871
4	1.2214	0.5564	-0.527	2.2112	-1.263	3.406	-0.0438	-0.1801	-0.076	-0.751	0.4191	0.5089	0.7771	-0.8959	-0.3753	0.3341	-0.2767	-0.2088	0.3466	0.1872	0.1725	72.7357	43.0212	56.7714
5	0.6703	0.3147	0.2956	4.7522	-3.5618	6.1856	0.0553	-0.4096	0.1654	0.1561	0.4493	0.8224	-0.6019	-0.8218	-0.5046	0.0978	0.0234	0.0415	0.3771	0.03	0.1862	74.1339	57.3786	65.4385
6	9.9211	3.1162	-10.3729	4.2114	-5.8731	17.6415	0.0122	0.0201	-0.0339	-0.0902	-0.2494	-0.056	-0.669	-0.0275	0.2372	0.3005	0.0172	-0.0761	0.0398	-0.0399	0.2816	89.9132	71.7523	47.0083
7	2.1254	0.236	-1.5597	2.2753	-2.8674	8.6848	-0.0186	-0.1822	0.25	0.2489	-0.1275	-0.1991	-0.569	-0.1518	0.1461	0.2346	-0.0614	-0.0276	0.0991	-0.048	0.1887	92.652	65.7192	61.0386
8	1.6545	-0.1314	-1.3381	4.2144	-1.1562	5.4305	0.0811	-0.1305	0.0481	-0.5579	-0.7182	-1.0698	-0.3324	0.6026	0.6371	0.1255	0.0477	0.101	0.2129	0.2184	0.3065	102.8671	56.1678	53.5903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	245 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	300 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	442 - 574
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	575 - 597
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	598 - 664
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	665 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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