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- PDB-5m73: Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m73
タイトルStructure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain
要素
  • (Signal recognition particle subunit ...シグナル認識粒子) x 2
  • Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)
  • Signal recognition particle 19 kDa protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / protein targeting / signal recognition particle (シグナル認識粒子) / protein-RNA complex / RNA kink-turn
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / シグナル認識粒子 / cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / TPR domain binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / シグナル認識粒子 / cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / TPR domain binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / nuclear body / リボソーム / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / focal adhesion / 核小体 / 小胞体 / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP68 subunit, RNA-binding domain / Hyaluronidase domain-like / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding / Signal recognition particle, SRP72 subunit / Putative TPR-like repeat / SRP72 RNA-binding domain / Putative TPR-like repeat / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain ...Signal recognition particle, SRP68 subunit, RNA-binding domain / Hyaluronidase domain-like / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP72 subunit, RNA-binding / Signal recognition particle, SRP72 subunit / Putative TPR-like repeat / SRP72 RNA-binding domain / Putative TPR-like repeat / Signal recognition particle subunit SRP68 / Signal recognition particle subunit SRP68, RNA-binding domain / SRP68, N-terminal domain superfamily / RNA-binding signal recognition particle 68 / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Signal recognition particle subunit SRP72 / Signal recognition particle 19 kDa protein / Signal recognition particle subunit SRP68
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Becker, M.M.M. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 638 ドイツ
German Research FoundationGRK1188 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structures of human SRP72 complexes provide insights into SRP RNA remodeling and ribosome interaction.
著者: Becker, M.M. / Lapouge, K. / Segnitz, B. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2016年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Derived calculations
改定 1.32017年1月18日Group: Database references
改定 1.42019年10月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_audit_support / reflns_shell / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)
B: Signal recognition particle 19 kDa protein
C: Signal recognition particle subunit SRP68
D: Signal recognition particle subunit SRP72
E: Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)
F: Signal recognition particle 19 kDa protein
G: Signal recognition particle subunit SRP68
H: Signal recognition particle subunit SRP72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,23772
ポリマ－206,9238
非ポリマー2,31464
水0
1
A: Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)
B: Signal recognition particle 19 kDa protein
C: Signal recognition particle subunit SRP68
D: Signal recognition particle subunit SRP72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,93945
ポリマ－103,4614
非ポリマー1,47741
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)
F: Signal recognition particle 19 kDa protein
G: Signal recognition particle subunit SRP68
H: Signal recognition particle subunit SRP72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,29827
ポリマ－103,4614
非ポリマー83623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.567, 139.306, 152.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN G AND (RESSEQ 51:68 OR RESSEQ 70:92 OR RESSEQ...
211(CHAIN C AND (RESSEQ 51:68 OR RESSEQ 70:92 OR RESSEQ...
112(CHAIN B AND (RESSEQ 14:57 OR RESSEQ 59:73 OR RESSEQ 75:78 OR RESSEQ 80:88 OR RESSEQ 90:115))
212(CHAIN F AND (RESSEQ 14:57 OR RESSEQ 59:73 OR RESSEQ 75:78 OR RESSEQ 80:88 OR RESSEQ 90:115))
113(CHAIN A AND ((RESID 106 AND (NAME P OR NAME...
213(CHAIN E AND ((RESID 106 AND (NAME P OR NAME...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Signal recognition particle subunit ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 Signal recognition particle subunit SRP68 / シグナル認識粒子 / SRP68 / Signal recognition particle 68 kDa protein


分子量: 24280.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB9
#4: タンパク質 Signal recognition particle subunit SRP72 / シグナル認識粒子 / SRP72 / Signal recognition particle 72 kDa protein


分子量: 17189.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76094

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: RNA鎖 Human gene for small cytoplasmic 7SL RNA (7L30.1)


分子量: 47199.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 23924
#2: タンパク質 Signal recognition particle 19 kDa protein / SRP19


分子量: 14791.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09132

-
非ポリマー , 3種, 64分子

#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.4 Å / Num. obs: 39893 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Net I/σ(I): 8.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p3e

4p3e


解像度: 3.4→48.39 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 3638 4.84 %
Rwork0.237 --
obs0.239 39533 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 137.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 6243 109 0 12128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56718812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9717155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111300
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11G1754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1754X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21B923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22F923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
31A3324X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32E3324X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.44470.40191090.37322775X-RAY DIFFRACTION98
3.4447-3.49190.45761110.36622737X-RAY DIFFRACTION99
3.4919-3.54180.40721670.3612718X-RAY DIFFRACTION98
3.5418-3.59460.37031470.35182673X-RAY DIFFRACTION98
3.5946-3.65080.39811400.35662756X-RAY DIFFRACTION98
3.6508-3.71060.38751220.35752735X-RAY DIFFRACTION99
3.7106-3.77460.40991500.33772771X-RAY DIFFRACTION99
3.7746-3.84320.38211210.33752741X-RAY DIFFRACTION98
3.8432-3.91710.36031220.31772754X-RAY DIFFRACTION99
3.9171-3.9970.3421420.29852704X-RAY DIFFRACTION98
3.997-4.08390.37321430.29612758X-RAY DIFFRACTION98
4.0839-4.17880.39011370.28592737X-RAY DIFFRACTION99
4.1788-4.28320.31561270.2892755X-RAY DIFFRACTION99
4.2832-4.3990.34781560.27152769X-RAY DIFFRACTION99
4.399-4.52830.31771660.26822734X-RAY DIFFRACTION99
4.5283-4.67440.28491780.2482712X-RAY DIFFRACTION99
4.6744-4.84130.28361720.24552749X-RAY DIFFRACTION99
4.8413-5.03490.30851380.22632750X-RAY DIFFRACTION99
5.0349-5.26380.29331130.21562800X-RAY DIFFRACTION100
5.2638-5.5410.27521260.23212820X-RAY DIFFRACTION100
5.541-5.88760.28041580.21672759X-RAY DIFFRACTION100
5.8876-6.34130.26281780.21332755X-RAY DIFFRACTION100
6.3413-6.97770.241340.212774X-RAY DIFFRACTION100
6.9777-7.98350.21961030.17442828X-RAY DIFFRACTION100
7.9835-10.04360.19371200.16572786X-RAY DIFFRACTION100
10.0436-48.39750.17241580.14422748X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05110.8807-0.23961.0271-0.78972.34340.127-0.08230.3194-0.3925-0.626-0.3997-0.10850.11840.34621.74560.09110.16050.65720.24951.9956-15.499237.0856-20.3686
2-0.4355-0.1209-0.10841.27780.1741-0.47730.3145-0.22920.09440.8924-0.7108-0.0186-0.1645-0.34440.2581.99380.05780.18390.60320.01452.0592-7.9926-21.4144-17.5611
30.4225-1.0832-0.00821.83431.00670.03770.34940.1010.0421-0.7902-0.51160.0148-0.1885-0.26170.10082.07520.06670.20860.60310.11541.9305-11.71631.3088-30.421
41.33360.11860.63112.7222-0.75610.64950.3548-0.1801-0.06470.00680.01480.8047-0.7136-0.8158-0.41692.47220.18840.37440.71530.27692.7605-24.749571.2901-22.2497
56.6079-2.25541.02822.81891.33632.2428-0.2135-0.6166-0.7897-0.4938-0.46150.43010.5637-0.04870.281.8483-0.0040.110.2691-0.02060.95924.3949-37.9954-25.8452
62.8873-2.80590.49843.6872-1.68971.62990.20590.4219-0.4047-0.2703-0.2009-1.25270.7470.3963-0.00591.70210.01991.15380.2895-0.63890.07572.1449-25.7099-24.5126
75.8085-3.7777-0.61297.99524.08096.8402-0.63710.33380.21381.0573-0.1540.5035-1.36420.84660.37471.215-0.02380.08650.43950.12561.210812.9889-35.3998-22.5112
81.7283-0.31850.06013.63982.41751.8487-0.02680.4869-0.7161-1.21080.0598-0.22240.31740.7245-0.2062.32030.24170.2064-0.0858-0.13871.46426.1307-41.4768-28.5719
92.8105-0.3357-1.00340.1792-0.47423.0426-0.0646-0.4832-0.11641.736-0.3743-0.8134-1.08682.0450.22022.18360.24550.03-0.1329-0.17951.590613.3205-38.9744-17.0267
103.50261.8365-0.46113.7266-0.39422.16760.13810.50990.3532-0.6012-0.1593-0.794-0.4731-0.09510.13481.62970.04610.33820.51840.0681.5452-18.906535.2166-10.8968
119.2685-2.0185-5.87476.34646.07949.55450.3283-1.27691.0038-0.7735-0.0108-0.9579-1.65442.1759-0.51951.2043-0.10320.09631.04820.21652.2348-4.380237.76-4.9735
124.54340.9979-0.46443.6262-0.64324.87040.2253-0.46960.0108-0.1248-0.2473-0.2958-0.0650.23970.04271.391-0.06620.05630.45970.11771.2833-19.327926.27912.0626
138.7754-2.25831.29142.4223-1.47924.9522-0.3971-0.3687-0.22840.58260.97481.5888-0.0341-0.3812-0.59451.20970.11060.4620.77410.05331.7765-31.624126.511210.5104
144.48575.09363.37186.03744.3443.5687-0.47621.34710.1808-0.98340.3528-1.5466-0.34960.96230.15611.1875-0.13160.17071.40170.1031.9092-12.498979.7417-25.1403
157.6039-3.4137-1.92521.60680.94880.55820.1538-0.46520.1649-0.95890.1821-1.8268-0.27360.4138-0.14093.0136-0.19140.16060.2105-0.37974.0574-10.555785.2388-32.1314
163.5062-3.4704-1.36444.5885-1.06915.5241-0.11790.58650.86130.0406-0.43781.3004-1.9311-0.50620.16762.03070.046-0.63971.16430.01273.0692-14.93677.3125-38.6147
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 106 THROUGH 135 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 136 THROUGH 165 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 166 THROUGH 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 236 THROUGH 249 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 11 THROUGH 28 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 33 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 34 THROUGH 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 94 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 95 THROUGH 118 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 50 THROUGH 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 100 THROUGH 114 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 115 THROUGH 218 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 219 THROUGH 246 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 557 THROUGH 561 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 562 THROUGH 567 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 568 THROUGH 576 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 577 THROUGH 603 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 105 THROUGH 124 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 125 THROUGH 154 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 155 THROUGH 174 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 175 THROUGH 204 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 205 THROUGH 214 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 215 THROUGH 234 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 235 THROUGH 249 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'F' AND (RESID 14 THROUGH 23 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'F' AND (RESID 24 THROUGH 63 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'F' AND (RESID 64 THROUGH 80 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'F' AND (RESID 81 THROUGH 89 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'F' AND (RESID 90 THROUGH 100 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'F' AND (RESID 101 THROUGH 117 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'G' AND (RESID 48 THROUGH 89 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'G' AND (RESID 90 THROUGH 107 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'G' AND (RESID 108 THROUGH 114 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'G' AND (RESID 115 THROUGH 166 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'G' AND (RESID 167 THROUGH 244 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'H' AND (RESID 557 THROUGH 559 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'H' AND (RESID 563 THROUGH 579 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'H' AND (RESID 580 THROUGH 603 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る