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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m6b | ||||||
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タイトル | structure of recombinant mushroom tyrosinase (abPPO4) | ||||||
要素 | Polyphenol oxidase 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heterologous expression / polyphenol oxidase / tyrosinase activity (モノフェノールモノオキシゲナーゼ) / agaricus bisporus (マッシュルーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 モノフェノールモノオキシゲナーゼ / tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Pretzler, M. / Bijelic, A. / Rompel, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Heterologous expression and characterization of functional mushroom tyrosinase (AbPPO4). 著者: Pretzler, M. / Bijelic, A. / Rompel, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m6b.cif.gz | 850.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m6b.ent.gz | 712.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ouaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65184.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ) 遺伝子: PPO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C7FF05, モノフェノールモノオキシゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-O / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 5.8 and 13 % (w/w) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→48.9 Å / Num. obs: 35520 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Net I/σ(I): 5.68 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique all: 3462 / CC1/2: 0.826 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OUA 解像度: 3.25→48.9 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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