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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m5q | ||||||
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タイトル | COPS5(2-257) IN COMPLEX WITH A AZAINDOLE (COMPOUND 4) | ||||||
要素 | COP9 signalosome complex subunit 5 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / METAL PROTEASE / COP9 SIGNALOSOME / HYDROXYLASE (ヒドロキシル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / protein deneddylation / COP9 signalosome / metal-dependent deubiquitinase activity / protein neddylation ...macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / protein deneddylation / COP9 signalosome / metal-dependent deubiquitinase activity / protein neddylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein deubiquitination / regulation of JNK cascade / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / metallopeptidase activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / シナプス小胞 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / 翻訳 (生物学) / クロマチン / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / タンパク質分解 / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Renatus, M. / Altmann, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017 タイトル: Azaindoles as Zinc-Binding Small-Molecule Inhibitors of the JAMM Protease CSN5. 著者: Altmann, E. / Erbel, P. / Renatus, M. / Schaefer, M. / Schlierf, A. / Druet, A. / Kieffer, L. / Sorge, M. / Pfister, K. / Hassiepen, U. / Jones, M. / Ruedisser, S. / Ostermeier, D. / ...著者: Altmann, E. / Erbel, P. / Renatus, M. / Schaefer, M. / Schlierf, A. / Druet, A. / Kieffer, L. / Sorge, M. / Pfister, K. / Hassiepen, U. / Jones, M. / Ruedisser, S. / Ostermeier, D. / Martoglio, B. / Jefferson, A.B. / Quancard, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m5q.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m5q.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28950.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-7K1 / |
#4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 35% MPD, 0.2M LiSO4, 0,1 M Mes pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 18226 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 57.66 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in house model 解像度: 2.2→21.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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