PDB-5lk0: Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lk0

タイトル

Structure of hantavirus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation in presence of 100 mM KCL

要素

Envelopment polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Hantavirus (ハンタウイルス) /

Glycoprotein (糖タンパク質) / Viral fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Hantaan virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Insight into Bunyavirus-Induced Membrane Fusion from Structure-Function Analyses of the Hantavirus Envelope Glycoprotein Gc.
著者: Guardado-Calvo, P. / Bignon, E.A. / Stettner, E. / Jeffers, S.A. / Perez-Vargas, J. / Pehau-Arnaudet, G. / Tortorici, M.A. / Jestin, J.L. / England, P. / Tischler, N.D. / Rey, F.A.

履歴

登録	2016年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lk0.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lk0.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lk0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lk0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ljxC 5ljyC 5ljzSC 5lk1C 5lk2C 5lk3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ljz-1 5j81-1 5lk1-1 5j9h-1 5g47-d 1urz-1 1nek-d 5xnn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.536, 107.536, 127.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- NA
2	1	A-925- HOH
3	1	A-976- HOH

#1: タンパク質

Envelopment polyprotein / Glycoprotein precursor / M polyprotein / glycoprotein Gc

分子量: 54291.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Hantaan virus (ウイルス) / 株: 76-118 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08668

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10.7% (w/v) PEG 8000 0.1 M MES 6.5 7% (v/v) glycerol 0.1 M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→37.64 Å / Num. obs: 50655 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LJZ

5ljz

解像度: 1.8→37.64 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1957	2575	5.08 %
R_work	0.1653	-	-
obs	0.1669	50654	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3159	0	39	406	3604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	4548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.579	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7989-1.8335	0.2562	159	0.2076	2552	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8335-1.8709	0.2644	156	0.1999	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8709-1.9116	0.211	141	0.192	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9116-1.956	0.1987	133	0.1871	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
1.956-2.0049	0.181	155	0.1705	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0049-2.0591	0.2192	123	0.1621	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0591-2.1197	0.212	121	0.1617	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1197-2.1881	0.193	123	0.1607	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1881-2.2663	0.2017	132	0.1695	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2663-2.3571	0.2231	151	0.1709	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3571-2.4643	0.2044	152	0.1695	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4643-2.5942	0.2053	158	0.1676	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5942-2.7567	0.1919	132	0.1716	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7567-2.9695	0.2125	145	0.1674	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9695-3.2681	0.1997	130	0.162	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2681-3.7407	0.1755	141	0.1546	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7407-4.7114	0.1832	162	0.1481	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7114-37.6498	0.1748	161	0.1676	2664	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0635	0.1516	-0.0686	0.5587	-0.365	0.5896	-0.0471	0.3732	-0.0481	-0.4856	0.0511	0.0963	-0.0197	-0.0395	0.0404	0.2462	-0.0041	-0.0476	0.2404	0.0057	0.0978	-9.2838	-0.6194	-39.0982
2	1.6844	1.8603	0.0868	2.0546	0.0954	0.0064	0.3354	0.8468	-0.6804	-1.2142	0.3233	-0.4589	-0.0132	-0.0317	0.1635	0.9696	0.0868	0.0131	0.8186	0.0939	0.3829	-15.2138	8.5737	-56.9294
3	0.6841	-0.2434	-0.1736	0.6226	-0.2361	0.5533	-0.0127	0.0578	0.0596	-0.1382	0.0116	0.1678	-0.1127	-0.1923	-0.0052	0.1036	-0.0162	-0.0155	0.1149	0.0264	0.1366	-16.4277	7.6195	-11.2387
4	0.5922	0.1237	0.2212	0.0159	0.0183	0.0702	-0.0572	-1.4181	-0.2319	0.5613	-0.0321	-0.0519	0.7072	-0.1169	-0.0423	0.7801	0.1665	0.1596	1.05	0.2614	0.5848	-16.0155	0.9442	37.0236
5	0.7644	-0.4292	-0.1508	1.0239	-0.2863	0.2049	-0.1119	-0.5425	-0.0932	0.0596	0.1078	0.6516	0.0986	-0.1825	0.168	-0.0243	0.1321	0.1424	0.0422	0.0562	0.1255	-16.108	6.6354	8.0799
6	0.7124	0.0744	-0.1967	1.0182	0.2902	0.4763	0.1723	0.3181	-0.278	-0.229	0.1016	0.2914	0.2474	-0.4517	0.011	0.216	-0.0473	-0.0794	0.3517	0.0303	0.2382	-18.1301	2.7046	-33.1768
7	0.6147	0.0704	0.3224	0.5392	0.2753	2.0156	0.0156	-0.0182	0.0114	-0.0075	0.0388	0.1048	0.0201	-0.1193	0.001	0.0889	0.0099	-0.0034	0.105	0.0259	0.1758	-12.0358	2.9884	-6.0506
8	0.0905	0.1614	-0.0258	0.2087	-0.0245	0.0019	-0.5824	-1.3899	0.3229	1.0471	0.3714	-0.139	-0.8933	-0.5366	-0.3558	0.6495	0.3153	0.0072	0.8286	-0.0813	0.1832	-6.161	7.0236	33.7394
9	0.4091	-0.0779	-0.2237	0.7826	0.3341	0.2919	0.0296	0.1087	0.05	-0.1469	-0.0154	0.1502	-0.0673	-0.0938	-0.0006	0.1088	0.0082	-0.0272	0.1298	0.0288	0.1405	-11.702	6.1228	-19.0043
10	1.0471	0.2395	0.9689	0.8866	0.8969	1.2657	0.0598	-0.0035	-0.1059	0.0783	-0.1322	0.0438	0.1743	-0.3384	-0.0097	0.1228	-0.0459	-0.0225	0.1788	-0.0371	0.1831	-22.2208	-16.3096	-19.4403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:40)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 41:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 54:80)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 81:130)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 131:151)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 152:172)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 173:241)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 242:262)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 263:322)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 323:415)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)