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- PDB-5l7i: Structure of human Smoothened in complex with Vismodegib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7i
タイトルStructure of human Smoothened in complex with Vismodegib
要素Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / G protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / morphogen signaling / hedgehog signaling (ヘッジホッグシグナル伝達経路) / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / 接触阻害 / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / spinal cord dorsal/ventral patterning / left/right axis specification / ciliary tip / Activation of SMO / patched binding / thalamus development / somite development / type B pancreatic cell development / forebrain morphogenesis / cellular response to cholesterol / dorsal/ventral neural tube patterning / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of organ growth / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / smooth muscle tissue development / pattern specification process / cerebellar cortex morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / positive regulation of multicellular organism growth / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / 神経堤 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / ciliary membrane / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / midgut development / smoothened signaling pathway / hair follicle morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / negative regulation of DNA binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / neuroblast proliferation / 脈管形成 / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / homeostasis of number of cells within a tissue / 中心小体 / protein sequestering activity / negative regulation of protein phosphorylation / epithelial cell proliferation / central nervous system development / 電子伝達系 / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / astrocyte activation / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / 繊毛 / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / endocytic vesicle membrane / late endosome / 遺伝子発現 / in utero embryonic development / ペリプラズム / electron transfer activity / protein stabilization / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / 樹状突起 / heme binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / Chem-VIS / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Byrne, E.X.B. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.F. ...Byrne, E.X.B. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.F. / Sansom, M.S.P. / Newstead, S. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of Smoothened regulation by its extracellular domains.
著者: Byrne, E.F. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.P. / Sansom, M.S. / Newstead, S. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Structure summary
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32016年8月10日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,3688
ポリマ－141,5682
非ポリマー1,8006
水0
1
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4263
ポリマ－70,7841
非ポリマー6432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9415
ポリマ－70,7841
非ポリマー1,1574
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.820, 71.290, 107.020
Angle α, β, γ (deg.)91.53, 98.20, 105.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog / SMO / Protein Gx / Cytochrome b-562 / SMO / Protein Gx


分子量: 70783.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: SMO, SMOH, cybC / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S-GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99835, UniProt: P0ABE7
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-VIS / 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide / ビスモデギブ / ビスモデギブ


分子量: 421.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14Cl2N2O3S / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: 0.09 M sodium acetate pH4, 0.09 M sodium malonate, 27% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→68 Å / Num. obs: 21097 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 63.36 Å2 / CC1/2: 0.953 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qim

4qim


解像度: 3.3→59.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.537
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 1013 4.92 %RANDOM
Rwork0.2448 ---
obs0.2454 20588 94.55 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.8545 Å2-24.5219 Å2-10.164 Å2
2---4.8895 Å2-7.5493 Å2
3---21.744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.655 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→59.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8988 0 119 0 9107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8712715HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4222SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1411HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9355HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1192SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10593SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 105 4.28 %
Rwork0.2876 2349 -
all0.2868 2454 -
obs--89.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5869-1.22741.89084.6946-1.57446.9616-0.0276-0.02550.0610.05190.01660.0882-0.0229-0.11830.0110.17260.1622-0.1790.3432-0.1361-0.38518.770342.28133.2967
20.8875-0.3440.23920.32730.65521.64290.0016-0.0032-0.03620.00990.00590.0012-0.01260.0243-0.00750.09590.0093-0.05860.0020.06070.01749.003644.3417-20.622
31.4472-0.29370.7061.3633-0.56334.8458-0.12030.21640.23840.0543-0.0577-0.0163-0.32870.25920.1780.14540.0119-0.1475-0.0190.1041-0.09853.252.9703-52.1604
43.3516-0.03232.24370.6298-0.72643.6330.02570.0342-0.0434-0.047-0.0183-0.06520.00480.0508-0.00730.1045-0.10880.03190.03460.168-0.057510.323982.4286-100.9578
55.86140.4741-2.19964.983-2.66636.91590.0496-0.10310.0645-0.0534-0.18390.1355-0.0464-0.11270.13430.17430.0215-0.1070.2695-0.0025-0.29727.466428.8486-116.6565
6-0.05580.3356-0.23030.3751-0.44511.2302-0.01110.0480.0091-0.0122-0.0123-0.00040.00690.01480.02340.060.00080.00030.1540.0077-0.059-1.654327.0712-92.5812
71.4290.1732-0.48021.8621-1.01046.4071-0.2830.1691-0.10420.12160.15830.11320.3633-0.1410.1247-0.0005-0.07870.0753-0.0444-0.0039-0.0471-5.113118.7272-59.7741
84.3952-2.2009-2.36331.12791.77275.46980.00230.0212-0.04710.04190.019-0.01510.0103-0.0371-0.02130.2328-0.0468-0.0229-0.14480.1035-0.04688.1902-11.174-13.5834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|57 - A|190 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|191 - A|216 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|217 - A|551 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1011 - A|1131 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|58 - B|190 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|191 - B|216 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|217 - B|552 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|1011 - B|1131 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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