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Yorodumi- PDB-5l38: The structure of the hexagonal shell protein MSM0272 from the RMM... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l38 | ||||||
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Title | The structure of the hexagonal shell protein MSM0272 from the RMM microcompartment | ||||||
Components | MSM0272 - RMM microcompartment shell protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial microcompartment / hexameric shell protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: A Complete Structural Inventory of the Mycobacterial Microcompartment Shell Proteins Constrains Models of Global Architecture and Transport. Authors: Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5l38.cif.gz | 401.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5l38.ent.gz | 333.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5l38.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l38 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5l37C 5l39C 5suhC 2qw7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10378.665 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: MSMEG_0272, MSMEI_0265 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0QP49 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.67 % / Description: tetragonal prisms |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Tris, 11% ethylene glycol, 10 % PEG 8000, 7mg/ml protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 83627 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QW7 Resolution: 2.2→48.135 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 21.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.135 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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