PDB-5l21: Crystal structure of BoNT/A receptor binding domain in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l21

タイトル

Crystal structure of BoNT/A receptor binding domain in complex with VHH C2

要素

Botulinum neurotoxin type A
VHH-C2

キーワード

TOXIN (毒素) /

Neutralizing antibody (中和抗体) / VHH / Botulinum neurotoxin / BoNT-A-VHH complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion /

ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Yao, G. / Jin, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A camelid single-domain antibody neutralizes botulinum neurotoxin A by blocking host receptor binding.
著者: Yao, G. / Lam, K.H. / Weisemann, J. / Peng, L. / Krez, N. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Dong, M. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2016年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l21.cif.gz	249.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l21.ent.gz	197.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fuoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cu6-d 5tvv-d 1fcd-1 3lb9-d 5gxt-d 4bj6-2 6sua-2 5mfc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: VHH-C2

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.100, 103.720, 64.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 49877.488 Da / 分子数: 1 / 変異: T1158A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A) (ボツリヌス菌) 株: Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI1*PLUS, ボツリヌストキシン
#2: 抗体	VHH-C2 分子量: 13326.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% polyethylene glycol 6,000; 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→35.99 Å / Num. obs: 74608 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.843 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FUO

3fuo

解像度: 1.68→35.99 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	3773	5.06 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1931	74540	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→35.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4452	0	0	566	5018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	6149
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.738	1690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7013	0.2693	127	0.2745	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7013-1.7237	0.2221	140	0.2703	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7237-1.7473	0.251	148	0.2588	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7473-1.7722	0.2501	152	0.259	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7722-1.7987	0.252	148	0.243	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7987-1.8268	0.2641	140	0.2329	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8268-1.8567	0.2404	139	0.2409	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8567-1.8887	0.2248	155	0.2323	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8887-1.9231	0.2314	134	0.2294	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9231-1.9601	0.2424	134	0.2272	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9601-2.0001	0.2255	125	0.2202	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0001-2.0436	0.2332	135	0.21	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0436-2.0911	0.2436	140	0.2131	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0911-2.1434	0.2061	146	0.2065	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1434-2.2013	0.2174	155	0.2086	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2013-2.2661	0.2165	119	0.1998	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2661-2.3392	0.1825	136	0.2015	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.4228	0.2238	133	0.2022	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4228-2.5198	0.2233	148	0.1981	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6345	0.2317	163	0.1979	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6345-2.7733	0.1904	151	0.196	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7733-2.947	0.1971	132	0.1945	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.947-3.1744	0.2117	134	0.1823	2593	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1744-3.4936	0.176	129	0.1707	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4936-3.9986	0.1753	141	0.1625	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9986-5.0356	0.1773	118	0.152	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0356-36	0.1908	151	0.1817	2561	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3592	0.1561	0.0756	1.2288	-0.3033	0.1347	-0.0116	0.0293	-0.0894	-0.2412	0.0568	0.0772	0.0496	-0.0486	0.0054	0.113	-0.018	-0.0072	0.1328	0.0081	0.1433	14.1894	0.1397	-5.2158
2	0.1473	0.0478	-0.0561	0.1072	-0.0951	0.1221	0.2042	-0.2013	0.1209	0.6508	-0.1187	-0.0169	-0.3281	-0.0065	0.0806	0.6657	-0.1058	-0.0601	0.2707	0.0223	-0.013	19.301	12.9782	25.794
3	2.899	0.425	-2.7259	1.6988	-1.809	3.7762	0.4217	-0.8125	0.1965	0.5808	-0.2663	-0.1505	-0.326	0.5457	-0.1603	0.4452	-0.1227	-0.2163	0.4633	-0.117	0.8405	44.1768	22.0426	14.0085
4	2.017	-0.0473	0.2699	0.0717	0.1735	0.485	0.0894	0.025	0.1883	-0.0188	0.0014	-0.2068	-0.051	0.0844	0.0051	0.0689	-0.0139	0.0138	0.3399	0.0402	0.9389	50.7023	21.3539	-0.7136
5	4.9068	-2.4259	2.4327	1.2136	-0.8739	8.7679	0.1219	-0.3368	-0.2947	0.4785	-0.0538	-0.1505	0.1626	-0.2176	-0.0833	0.7237	-0.2309	-0.3488	0.5536	0.2327	0.6467	38.3633	11.9912	20.1955
6	1.6285	-1.0382	0.1423	2.6702	-0.1291	0.5582	0.0263	-0.1346	-0.2925	0.1494	-0.0491	-0.6705	-0.0253	0.049	0.0354	0.0907	0.0039	-0.0349	0.1762	0.0195	0.469	36.2504	16.9437	0.5348
7	1.4338	0.1384	-0.5632	0.5486	0.2179	1.1257	0.1005	-0.1628	-0.3742	0.0885	0.0687	-0.5107	0.075	0.1435	-0.1026	0.1305	0.0321	-0.0118	0.259	0.0566	0.8216	45.3037	12.897	-0.1982
8	3.2605	1.3868	-2.8676	2.7722	-1.5693	2.5861	0.1489	-0.0971	0.0957	0.1646	-0.1518	-0.698	-0.0806	0.2236	-0.0405	0.1339	-0.0159	-0.0559	0.2115	0.039	0.5968	41.489	22.3222	-0.2657
9	6.134	-0.5542	-0.0453	6.2234	1.1406	3.2202	0.045	0.6652	0.3557	-0.725	0.1211	-1.2865	-0.3354	0.506	-0.1447	0.2666	-0.0606	0.117	0.3583	0.0494	0.8888	49.0104	29.3312	-8.2349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 869 through 1101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1102 through 1296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 7 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 26 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 68 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 90 through 111 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 112 through 119 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)