[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5kzz: Crystal structure of the xenopus Smoothened cysteine-rich domain ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kzz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the xenopus Smoothened cysteine-rich domain (CRD) in its apo-form | |||||||||
Components | Smoothened | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Hedgehog signaling / GPCR / cysteine-rich domain / sterol | |||||||||
Function / homology | Function and homology information tissue development / G protein-coupled receptor activity / cilium / Wnt signaling pathway / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.332 Å | |||||||||
Authors | Huang, P. / Kim, Y. / Salic, A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2016 Title: Cellular Cholesterol Directly Activates Smoothened in Hedgehog Signaling. Authors: Huang, P. / Nedelcu, D. / Watanabe, M. / Jao, C. / Kim, Y. / Liu, J. / Salic, A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kzz.cif.gz | 68.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5kzz.ent.gz | 48.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kzz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/5kzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/5kzz | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5kzvSC 5kzyC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13991.058 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP Residues 35-154 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: Smo / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q98SW5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M zinc acetate and 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 26, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.33→50 Å / Num. obs: 24147 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 0.635 / Net I/av σ(I): 23.358 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 75788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5KZV Resolution: 1.332→32.634 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.57 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.49 Å2 / Biso mean: 24.8172 Å2 / Biso min: 8.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.332→32.634 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
|