+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ky7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | mouse POFUT1 in complex with O-glucosylated EGF(+) and GDP | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, Z. / Rini, J.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Recognition of EGF-like domains by the Notch-modifying O-fucosyltransferase POFUT1. Authors: Li, Z. / Han, K. / Pak, J.E. / Satkunarajah, M. / Zhou, D. / Rini, J.M. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 231.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 191.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kxhC ![]() 5kxqC ![]() 5ky0C ![]() 5ky2C ![]() 5ky3C ![]() 5ky4C ![]() 5ky5C ![]() 5ky8C ![]() 5ky9C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 40457.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 4111.439 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() |
-Sugars , 2 types, 3 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/BGC.gif)
#3: Sugar | ![]() #5: Sugar | ChemComp-BGC / | ![]() |
---|
-Non-polymers , 2 types, 314 molecules ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GDP / ![]() |
---|---|
#6: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.3 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 20% PEG2000 MME, 50 mM Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 49185 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.765 / % possible all: 97 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.6→46.801 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.8 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.38 Å2 / Biso mean: 37.7969 Å2 / Biso min: 12.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→46.801 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|