PDB-5kvd: Zika specific antibody, ZV-2, bound to ZIKA envelope DIII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kvd

タイトル

Zika specific antibody, ZV-2, bound to ZIKA envelope DIII

要素

(ZV-2 Antibody Fab ...) x 2
Zika Envelope DIII

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) /

ZIKA VIRUS (ジカウイルス) / ENVELOPE DIII /

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

antibody (抗体) / IgG2c /

structural genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID. /

VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity /

フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity /

double-stranded RNA binding /

カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

Immunoglobulin-like - #350 /

: / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 /

: / Flavivirus capsid protein C superfamily /

RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. /

RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain /

DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily /

Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain /

RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily /

抗体 / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Zhao, H. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Zika Virus-Specific Antibody Protection.
著者: Zhao, H. / Fernandez, E. / Dowd, K.A. / Speer, S.D. / Platt, D.J. / Gorman, M.J. / Govero, J. / Nelson, C.A. / Pierson, T.C. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.

履歴

登録	2016年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kvd.cif.gz	242.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kvd.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/5kvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/5kvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kveC 5kvfC 5kvgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m1g-d 2fzw-d 4dup-d 6ye3-1 4z5r-8 5vjo-1 4hfj-d 1teh-1 4dla-d 1ndm-d 1xgq-d 2fze-d 7aas-1 5utz-1 7av7-1 1qlh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95734 TargetTrack: IDP95734

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (45) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (43)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (45)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)

登録構造単位

E: Zika Envelope DIII

L: ZV-2 Antibody Fab Light Chain

H: ZV-2 Antibody Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

60.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.020, 113.440, 132.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Zika Envelope DIII 分子量: 11935.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 589-697 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: French Polynesia H/PF/2013 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: A0A024B7W1, UniProt: A0A0X8GJ44*PLUS

#1: タンパク質

Zika Envelope DIII

分子量: 11935.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 589-697 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded / 由来: (組換発現)

Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: French Polynesia H/PF/2013 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: A0A024B7W1, UniProt: A0A0X8GJ44*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体	ZV-2 Antibody Fab Light Chain 分子量: 24081.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6, Irf3 knockout
#3: 抗体	ZV-2 Antibody Fab Heavy Chain 分子量: 24023.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / Variant: Irf3 knockout / 株: C57BL/6, Irf3 knockout

-
非ポリマー , 4種, 694分子

#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 0.6 M NaCl and 20.6% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→33.65 Å / Num. obs: 71401 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.95 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.76

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.69		0.989	2.04	0.71	1	100
1.69-1.74		0.801	2.59	0.767	1	99.9
1.74-1.79		0.59	3.44	0.854	1	100
1.79-1.84		0.457	4.18	0.905	1	100
1.84-1.91		0.475	4.08	0.925	1	94.4
1.91-1.97		0.271	6.57	0.971	1	94.2
1.97-2.05		0.201	8.98	0.979	1	99.9
2.05-2.13		0.16	11.95	0.985	1	99.8
2.13-2.22		0.128	14.28	0.992	1	99.2
2.22-2.33		0.108	16.47	0.992	1	97
2.33-2.46		0.082	20.77	0.996	1	100
2.46-2.61		0.065	26.39	0.997	1	100
2.61-2.79		0.053	30.85	0.998	1	100
2.79-3.01		0.041	37.51	0.999	1	100
3.01-3.3		0.033	44.21	0.999	1	100
3.3-3.69		0.032	45.84	0.999	1	99.9
3.69-4.26		0.031	48.13	0.999	1	99.7
4.26-5.22		0.024	60.69	0.999	1	99.9
5.22-7.38		0.022	61.19	0.999	1	100
	7.38	0.021	61.04	0.999	1	94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.65→33.65 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	3558	4.99 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1916	71267	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.48 Å² / B_iso mean: 31.6917 Å² / B_iso min: 10.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→33.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4200	0	18	690	4908
B_iso mean	-	-	34.31	38.55	-
残基数	-	-	-	-	550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	5998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.96	2652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6726	0.3051	150	0.2814	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6726-1.6965	0.268	132	0.2719	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6965-1.7218	0.2972	158	0.2623	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7218-1.7487	0.2664	128	0.2518	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7487-1.7774	0.2856	125	0.2413	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.808	0.2737	152	0.2354	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.808-1.8409	0.255	179	0.2255	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8409-1.8763	0.2453	137	0.2461	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8763-1.9146	0.364	116	0.3441	2414	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9146-1.9563	0.411	150	0.3449	2513	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9563-2.0018	0.2766	133	0.2151	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0018-2.0518	0.2532	136	0.2125	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0518-2.1073	0.2318	114	0.1943	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1073-2.1693	0.2158	133	0.1913	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1693-2.2393	0.2253	130	0.2101	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2393-2.3193	0.2586	139	0.2493	2660	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3193-2.4122	0.2387	142	0.1962	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4122-2.5219	0.2108	143	0.1936	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5219-2.6549	0.2214	155	0.1922	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6549-2.8211	0.2299	161	0.1868	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8211-3.0389	0.197	136	0.1809	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0389-3.3445	0.1888	167	0.1675	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3445-3.8281	0.1894	149	0.1506	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8281-4.8213	0.1774	145	0.1361	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8213-33.65	0.1892	148	0.1578	2953	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0057	0.0056	0.0031	-0.0009	-0.0013	-0.0034	-0.0708	0.0005	0.0851	-0.0656	-0.0455	0.2733	0.044	0.0598	0	0.5717	0.0208	0.0581	0.4268	0.0031	0.5446	-13.1917	47.279	-1.4946
2	-0.0134	-0.0377	-0.0143	0.0214	-0.0119	0.0036	0.0041	0.1333	0.2605	-0.0222	0.0589	0.0648	-0.2202	0.1642	-0.0001	0.1815	-0.0197	0.0107	0.1677	0.0412	0.1741	-4.665	49.0748	-14.5086
3	0.0074	0.0085	-0.0067	-0.0009	-0.0203	-0.02	0.1387	0.1816	0.0374	0.0368	-0.0984	0.0832	-0.0056	-0.002	-0	0.1414	0.0228	0.0167	0.2279	0.0486	0.1933	-17.8719	37.4797	-23.6234
4	0.0683	-0.0781	-0.0267	0.1292	-0.0127	0.0193	0.0473	0.1069	0.1036	0.1337	-0.0277	-0.0365	-0.1115	-0.0633	0	0.1829	-0.0091	0.0006	0.1636	0.0319	0.172	-5.9297	44.7912	-13.0706
5	0.0143	-0.0203	-0.0049	0.0545	0.0195	0.024	0.2661	0.1271	0.3641	-0.0718	0.0893	0.0538	-0.0772	-0.0947	0.0273	0.2617	0.0446	0.0795	0.2193	0.1162	0.3732	-17.0772	56.4565	-21.7574
6	0.1388	-0.0354	0.0323	0.0119	0.0169	0.0431	0.086	-0.3998	0.2648	0.162	0.1249	0.1552	-0.1225	-0.0142	0.0594	0.1729	0.0187	0.0875	0.2075	0.002	0.2894	-20.5228	49.4104	-15.0548
7	0.029	-0.0249	-0.0012	0.0991	-0.0625	0.0438	0.0788	0.0738	0.0887	0.0876	-0.0578	-0.0013	0.0411	0.0337	-0	0.1527	-0.009	0.0043	0.1835	0.0386	0.1501	-6.7128	41.0592	-11.572
8	0.0113	-0.0219	-0.0133	0.0709	0.0468	0.0234	-0.0581	0.1963	0.1989	0.1245	0.1108	0.1305	-0.2525	-0.1558	0.0137	0.132	0.0351	0.0135	0.2805	0.1054	0.2444	-20.1566	49.0778	-23.9978
9	-0.0001	0.0019	-0.0032	0.004	0.0052	0.0034	-0.0148	-0.0313	0.1398	0.1692	0.0111	-0.1171	-0.1194	0.0003	-0	0.5213	-0.0631	-0.0035	0.2199	0.0588	0.3828	-5.3131	56.0178	-18.1614
10	0.1057	0.092	0.0486	0.0879	-0.0038	0.012	-0.0631	0.3417	0.0137	0.107	0.15	-0.1242	-0.1007	-0.1021	0.0058	0.1796	-0.0097	0.0022	0.3066	0.113	0.2222	-19.6558	46.6233	-27.6042
11	0.0709	-0.0297	0.1053	0.1839	-0.0048	0.0666	0.1664	0.2092	-0.3295	-0.2477	-0.2846	0.1212	0.1223	-0.1217	0.0038	0.3263	0.0527	-0.0009	0.3011	-0.054	0.2059	-10.3268	12.1336	-33.504
12	0.1875	0.1187	-0.0592	0.6765	-0.0339	0.2843	0.1724	0.2201	0.086	-0.2888	-0.1697	-0.057	0.1191	-0.0025	0.0015	0.1801	0.0574	-0.0147	0.2381	0.0089	0.1149	-11.1484	24.5591	-27.478
13	0.196	0.0742	0.0356	0.2092	-0.0316	0.0985	0.1999	0.0964	-0.1117	-0.2605	-0.2069	-0.0212	0.0065	-0.0592	-0.0036	0.2899	0.0994	-0.0018	0.2555	-0.0041	0.1501	-8.0067	18.7367	-32.6461
14	-0.0101	0.0785	-0.1155	0.0552	0.0198	-0.0587	0.06	0.1167	-0.0208	-0.0967	-0.0408	-0.034	-0.0265	-0.0739	0	0.1443	0.0188	-0.0218	0.184	-0.0631	0.1504	-7.2101	10.3672	-28.222
15	0.1297	-0.2046	0.1423	0.0985	0.1668	0.3971	0.0477	0.0657	-0.0244	0.0813	-0.0623	-0.0308	0.1944	-0.0635	-0.0028	0.2171	-0.0126	-0.0211	0.174	-0.0824	0.2144	5.3199	-15.7477	-22.3261
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18	0.0784	0.0456	0.0127	0.0524	0.0395	0.0524	0.3017	0.8917	0.1161	0.2629	0.1224	-0.2055	0.2489	-0.5976	0.1661	0.3356	-0.1	-0.1645	-0.2034	-0.3035	0.212	7.1278	-21.1162	-29.5926
19	0.4365	0.0148	-0.2522	0.1441	0.0014	0.1151	0.0012	0.0686	-0.0446	0.0295	-0.0279	0.0122	0.0222	0.0464	0	0.1238	-0.0023	-0.0089	0.0974	-0.0062	0.1241	-6.0964	21.4904	-6.1864
20	0.4496	0.2171	-0.1136	0.1204	-0.1299	0.2997	0.1275	0.1354	0.0313	-0.0283	0.003	0.1463	0.1766	-0.0965	0.1643	0.1752	-0.0051	-0.0363	0.1207	-0.0359	0.0924	-13.4224	15.6066	-12.7178
21	0.1182	-0.0087	-0.0814	0.0211	-0.0189	0.055	0.0222	-0.0057	0.0503	0.0446	-0.0111	-0.053	0.0317	-0.1019	0.0002	0.1513	-0.0263	0.0098	0.1377	-0.0367	0.1476	-19.8798	19.145	-5.8822
22	0.3701	-0.2029	0.0869	0.1659	-0.0544	0.2726	-0.0049	0.0488	-0.0165	0.022	-0.0261	0.0387	0.062	0.0321	-0	0.1517	0.0006	0.0085	0.1195	-0.0082	0.1452	-7.7937	17.5439	-7.369
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24	0.0134	-0.1611	-0.0134	0.1868	-0.1884	0.2367	-0.1243	0.1153	-0.0233	0.1089	0.1969	-0.0697	-0.0456	0.0549	0.0243	0.2257	0.0133	-0.0026	0.2951	-0.1232	0.2895	12.0328	-5.0847	-15.2045
25	0.0871	-0.0092	0.0717	0.0933	-0.1143	0.1529	-0.1115	-0.1172	-0.1338	0.2043	0.213	-0.0869	-0.054	0.4498	-0.0042	0.2916	0.0792	-0.035	0.3676	-0.1607	0.3621	21.3931	-10.4811	-12.8445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resid 298 through 302 )	E	298 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid 303 through 311 )	E	303 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 312 through 322 )	E	312 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 323 through 339 )	E	323 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 340 through 348 )	E	340 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 349 through 358 )	E	349 - 358
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 359 through 375 )	E	359 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 376 through 386 )	E	376 - 386
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 387 through 392 )	E	387 - 392
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 393 through 402 )	E	393 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	1 - 25
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 26 through 61 )	L	26 - 61
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 62 through 90 )	L	62 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 91 through 113 )	L	91 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 114 through 155 )	L	114 - 155
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 156 through 174 )	L	156 - 174
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 175 through 197 )	L	175 - 197
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 198 through 214 )	L	198 - 214
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 2 through 39 )	H	2 - 39
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 40 through 52 )	H	40 - 52
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 53 through 66 )	H	53 - 66
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 67 through 119 )	H	67 - 119
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 120 through 136 )	H	120 - 136
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 137 through 194 )	H	137 - 194
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 195 through 230 )	H	195 - 230

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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