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万見
- PDB-5kue: Human SeMet incorporated I141M/L146M mitochondrial calcium unipor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kue
タイトルHuman SeMet incorporated I141M/L146M mitochondrial calcium uniporter (residues 72-189) crystal structure with magnesium
要素Calcium uniporter protein, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta-grasp fold I141M/L146M Se-Met double mutant N-terminal domain residues 72-189 mitochondrial calcium uniporter
機能・相同性
機能・相同性情報


uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission ...uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / calcium channel complex / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / positive regulation of insulin secretion / protein complex oligomerization / glucose homeostasis / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uniporter protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mok, C.Y.M. / Lee, S.K. / Junop, M.S. / Stathopulos, P.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)05239 カナダ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Mitochondrial Calcium Uniporter Regulation by Divalent Cations.
著者: Lee, S.K. / Shanmughapriya, S. / Mok, M.C. / Dong, Z. / Tomar, D. / Carvalho, E. / Rajan, S. / Junop, M.S. / Madesh, M. / Stathopulos, P.B.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium uniporter protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3056
ポリマ－14,0111
非ポリマー2955
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.500, 55.500, 69.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Calcium uniporter protein, mitochondrial / Coiled-coil domain-containing protein 109A


分子量: 14010.604 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 72-189 / 変異: I141M, L146M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NE86
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.32 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 24 % PEG 400, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.06 Å / Num. obs: 19352 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.8.2_1309精密化
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→39.443 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1953 10.11 %
Rwork0.2005 --
obs0.2017 19312 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 18 87 835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3981063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.002293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.53760.28351370.2421214X-RAY DIFFRACTION100
1.5376-1.57920.25121410.23991237X-RAY DIFFRACTION100
1.5792-1.62570.24811380.22871227X-RAY DIFFRACTION100
1.6257-1.67810.26011350.22211243X-RAY DIFFRACTION100
1.6781-1.73810.24851410.2251239X-RAY DIFFRACTION100
1.7381-1.80770.23151390.22031236X-RAY DIFFRACTION100
1.8077-1.890.27481390.20641231X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.98960.21711370.19771237X-RAY DIFFRACTION100
1.9896-2.11430.22731390.19751249X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.27750.21061370.19391242X-RAY DIFFRACTION100
2.2775-2.50670.19881470.20091240X-RAY DIFFRACTION100
2.5067-2.86930.20981370.20261248X-RAY DIFFRACTION100
2.8693-3.61460.20931440.19081240X-RAY DIFFRACTION100
3.6146-39.45640.18141420.18981276X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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