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- PDB-5kk3: Atomic Resolution Structure of Monomorphic AB42 Amyloid Fibrils -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kk3
タイトルAtomic Resolution Structure of Monomorphic AB42 Amyloid Fibrils
要素Beta-amyloid protein 42アミロイドβ
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid beta (アミロイドβ) / fibril (フィブリル)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein serine/threonine kinase binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / : / nuclear envelope lumen / suckling behavior / presynaptic active zone / dendrite development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / 小胞体 / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / クラスリン / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / forebrain development / Notchシグナリング / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / neuron projection maintenance / positive regulation of protein metabolic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / platelet alpha granule lumen / locomotory behavior / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / dendritic shaft / 学習 / positive regulation of interleukin-1 beta production / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuromuscular junction / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / エンドサイトーシス / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of interleukin-6 production / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell junction / シナプス小胞
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アミロイド前駆体タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Colvin, M.T. / Silvers, R. / Zhe Ni, Q. / Can, T.V. / Sergeyev, I. / Rosay, M. / Donovan, K.J. / Michael, B. / Wall, J. / Linse, S. / Griffin, R.G.
資金援助 米国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)EB-003151 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)EB-002026 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)EB-002804 米国
German Research Foundation (DFG)SI2105/1-1 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Atomic Resolution Structure of Monomorphic A beta 42 Amyloid Fibrils.
著者: Colvin, M.T. / Silvers, R. / Ni, Q.Z. / Can, T.V. / Sergeyev, I. / Rosay, M. / Donovan, K.J. / Michael, B. / Wall, J. / Linse, S. / Griffin, R.G.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2015
タイトル: High resolution structural characterization of AB42 amyloid fibrils by magic angle spinning NMR.
著者: Colvin, M.T. / Silvers, R. / Frohm, B. / Su, Y. / Linse, S. / Griffin, R.G.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-amyloid protein 42
B: Beta-amyloid protein 42
C: Beta-amyloid protein 42
D: Beta-amyloid protein 42
E: Beta-amyloid protein 42
F: Beta-amyloid protein 42
G: Beta-amyloid protein 42
H: Beta-amyloid protein 42
I: Beta-amyloid protein 42
J: Beta-amyloid protein 42
K: Beta-amyloid protein 42
L: Beta-amyloid protein 42
M: Beta-amyloid protein 42
N: Beta-amyloid protein 42
O: Beta-amyloid protein 42
P: Beta-amyloid protein 42
Q: Beta-amyloid protein 42
R: Beta-amyloid protein 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,36218
ポリマ－81,36218
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46980 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area17840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta-amyloid protein 42 / アミロイドβ / Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor ...Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Beta-amyloid precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 4520.087 Da / 分子数: 18 / 断片: residues 672-713 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05067

-
実験情報

-
実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic1PAR 5 ms mixing
123isotropic1PAR 10 ms mixing
133isotropic1PAR 20 ms mixing
143isotropic2PAIN 30 ms mixing
153isotropic1DARR 25 ms mixing
164isotropic1DARR 100 ms mixing
1104isotropic1PAR 20 ms mixing
193isotropic2FS-REDOR
184isotropic2FS-REDOR
175isotropic1ZF-TEDOR 6.4 ms mixing
1135isotropic1ZF-TEDOR 12 ms mixing
1125isotropic1DARR 100 ms mixing
1116isotropic2DARR 400 ms mixing
1163isotropic13D NCACX
1153isotropic23D NCOCX
1143isotropic23D CONCA

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid31 mg/uL [U-100% 13C; U-100% 15N] AB42-M01-42, 20 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 100% H2O100% of monomers were labeled with [U-100% 13C; U-100% 15N]100% U-13C/15N AB42-M01-42100% H2O
solid41 mg/uL [U-30% 13C; U-30% 15N] AB42-M01-42, 20 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 100% H2O30% of monomers were labeled with [U-100% 13C; U-100% 15N], 70% of monomers were natural abundance prior to fibrilization30% U-13C/15N AB42-M01-42100% H2O
solid51 mg/uL [1,6-13C-glucose, U-100% 15N] AB42-M01-42, 20 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 100% H2O1,6-13C-glucose/U-15N AB42-M01-42100% H2O
solid61 mg/uL [2-13C-glycerol, U-100% 15N] AB42-M01-42, 20 mM sodium phosphate, 0.2 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 100% H2O50% of monomers were labeled with [U-100% 15N], 50% of monomers were labeled with 2-13C-glycerol prior to fibrilization2-13C-glycerol/U-15N AB42-M01-42100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 g/LAB42-M01-42[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.2 mMEDTAnatural abundance3
0.02 %sodium azidenatural abundance3
1 g/LAB42-M01-42[U-30% 13C; U-30% 15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
0.2 mMEDTAnatural abundance4
0.02 %sodium azidenatural abundance4
1 g/LAB42-M01-42[1,6-13C-glucose, U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
0.2 mMEDTAnatural abundance5
0.02 %sodium azidenatural abundance5
1 g/LAB42-M01-42[2-13C-glycerol, U-100% 15N]6
20 mMsodium phosphatenatural abundance6
0.2 mMEDTAnatural abundance6
0.02 %sodium azidenatural abundance6
試料状態イオン強度: 1 mM / Label: NMR Buffer / pH: 8.0 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003
Home-built RUBEN750Home-builtRUBEN7507502

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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