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- PDB-5kbx: Co-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbx
タイトルCo-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine phosphotransfer signaling protein Ypd1 and the receiver domain of its downstream response regulator Ssk1
要素
  • Osmolarity two-component system protein SSK1
  • Phosphorelay intermediate protein YPD1
キーワードSIGNALING PROTEIN / two-component signaling / phosphorelay / Ypd1 / Ssk1 / response regulator / histidine phosphotransfer protein / Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / co-crystal (共結晶) / phosphotransfer
機能・相同性
機能・相同性情報


Mcs4 RR-MAPKKK complex / : / : / protein histidine kinase binding / transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / histidine phosphotransfer kinase activity / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity ...Mcs4 RR-MAPKKK complex / : / : / protein histidine kinase binding / transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / histidine phosphotransfer kinase activity / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / phosphorelay signal transduction system / positive regulation of protein autophosphorylation / リン酸化 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Osmolarity two-component system protein SSK1 / Phosphorelay intermediate protein YPD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Menon, S.K. / West, A.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1158319 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights revealed by the co-crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae histidine phosphotransfer signaling protein Ypd1 and the receiver domain of its downstream response regulator Ssk1
著者: Menon, S.K. / Branscum, K.M. / Foster, C.A. / West, A.H.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a complex between the phosphorelay protein YPD1 and the response regulator domain of SLN1 bound to a phosphoryl analog.
著者: Zhao, X. / Copeland, D.M. / Soares, A.S. / West, A.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2003
タイトル: Co-crystallization of the yeast phosphorelay protein YPD1 with the SLN1 response-regulator domain and preliminary X-ray diffraction analysis.
著者: Chooback, L. / West, A.H.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年10月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / computing / diffrn / entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _cell.volume / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphorelay intermediate protein YPD1
B: Osmolarity two-component system protein SSK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1117
ポリマ－43,6452
非ポリマー4665
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.696, 71.696, 176.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw

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要素

#1: タンパク質 Phosphorelay intermediate protein YPD1 / Histidine-containing phosphotransfer protein YPD1 / Tyrosine phosphatase-dependent protein 1


分子量: 19187.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YPD1, YDL235C, D0790 / プラスミド: pUC / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07688
#2: タンパク質 Osmolarity two-component system protein SSK1


分子量: 24457.375 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 495-712 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSK1, YLR006C / プラスミド: pCYB2 vector IMPACT system / 詳細 (発現宿主): fusion of pET11a + pCYB2 vector / Cell (発現宿主): Star / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07084
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS/NaOH pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97910, 0.97930, 0.9116
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日 / 詳細: Rh coated flat
放射モノクロメーター: Si(111) Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.91161
反射解像度: 2.798→33.7 Å / Num. obs: 10695 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 42.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 1163 / % possible all: 44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000708データ削減
HKL-2000708データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→33.27 Å / SU ML: 0.3645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5826
詳細: ellipsoidal truncation was applied to the data/ overall d_min = 2.8 d_min along a*= 3.1 d_min along b*= 3.1 d_min along c*= 2.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 1061 10 %
Rwork0.2275 --
obs0.2325 10608 88.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 28 31 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00142436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.35023276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.98441479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.920.3688660.2667602X-RAY DIFFRACTION46.13
2.92-3.080.3267980.2679886X-RAY DIFFRACTION66.89
3.08-3.270.38311420.26891288X-RAY DIFFRACTION96.62
3.27-3.520.29541450.2531283X-RAY DIFFRACTION98.08
3.52-3.880.30971420.22641292X-RAY DIFFRACTION96.89
3.88-4.440.22941510.1951352X-RAY DIFFRACTION99.54
4.44-5.590.22231530.1971377X-RAY DIFFRACTION99.87
5.59-33.270.27111640.2351467X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.86287688596-0.650378551552.223261377894.691882999290.2926225310335.439184925230.2626583439370.0413751182463-0.383681897062-0.1001249423-0.3319672600320.6288953381520.725782930999-0.823906604766-0.03306477121890.327171987192-0.104997112618-0.00854573236420.435952629428-0.06138071918780.22729480812628.15724410461.085240059361.6206112022
23.728296107142.55091372738-0.6344393294753.41362285849-0.7484106214075.104419448710.228338568074-0.02669631015410.5422172047710.205667760472-0.01548057008790.522761967685-0.430736343481-0.642161359216-0.1122550101390.2613128426230.1301783291130.05117061275750.2752199080240.01819122624260.22961485996938.443742541883.101678945748.1206140571
34.67040319611.10938895375-3.024565000160.266267719591-0.4975542121329.27577492079-0.01747105017620.51487148951.45379576278-0.140822349969-0.1144272430950.967500511706-2.120487175910.04361450792940.3147736357450.5942103562420.0105475200939-0.2953393602930.5671165693450.1512098972780.40447717246246.432093716793.607767360936.0872922181
44.9658284840.491422887892-2.125334270027.29694896436-7.208788337647.66671293489-0.1407853705461.54442260194-1.29489132545-1.875769050540.6382140527471.168723921451.89565466567-1.53564874472-0.3290934331210.650590305035-0.0144446666167-0.1346446469160.77217189046-0.2021143764090.51302164853134.647950025170.098753358637.6035416204
54.183963341462.53567499429-1.009443104782.48631068401-1.465455768761.70962929598-0.4095263905520.382985464814-0.544758920888-0.7066315295190.379002395837-0.3402735815870.8517884879330.283144616040.1020381521350.394673255430.156188025292-0.0373963843490.323820270014-0.08895052612150.16728652980449.058401231175.160936692241.9842735517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 167 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 499 through 579 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 596 through 606 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 607 through 625 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 626 through 659 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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