PDB-5k8w: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k8w

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U2

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE /

CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

MRNA SPLICING /

NUCLEUS (細胞核) /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor U2
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k8w.cif.gz	816.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k8w.ent.gz	694.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ih3-d 4ikp-d 6s7b-d 6arv-d 5dx1-d 5dxj-d 5is9-d 5isf-d 5is6-d 5u4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.919, 98.817, 207.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-816- HOH
2	1	A-890- HOH
3	1	D-844- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1220分子

#2: 化合物	ChemComp-GJV / 9-(7-{[amino(iminio)methyl]amino}-5,6,7-trideoxy-beta-D-ribo-heptofuranosyl)-9H-purin-6-amine 分子量: 337.358 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM, PEG 2000 MME 15 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.1 Å / Num. obs: 90553 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.95 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.309 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.1→45.925 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2402	4479	4.95 %	Random selection
R_work	0.1826	-	-	-
obs	0.1855	90444	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11019	0	195	1198	12412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11636
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.586	15746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.331	6897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2061

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3334	136	0.2765	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1488	0.3019	144	0.2689	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1488-2.1751	0.3071	158	0.261	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.3282	155	0.2601	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3247	163	0.2457	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2621	0.297	147	0.2354	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.2945	0.2819	152	0.2305	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.299	140	0.223	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.2844	123	0.2132	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2411	143	0.209	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2686	164	0.2008	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2698	151	0.2018	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2761	129	0.1927	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5894	0.23	159	0.1959	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6457	0.2873	142	0.1953	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7073	0.2514	155	0.1989	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.286	133	0.1979	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.85	0.3108	155	0.1936	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9339	0.2513	141	0.1805	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0285	0.231	149	0.1863	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0285-3.1367	0.2452	166	0.1793	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1367-3.2623	0.2343	139	0.1707	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2623-3.4107	0.2185	150	0.1649	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4107-3.5905	0.2215	130	0.1568	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5905-3.8153	0.2066	156	0.1437	2869	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8153-4.1098	0.194	172	0.1344	2871	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1098-4.523	0.1702	150	0.1268	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
4.523-5.1767	0.1761	137	0.1273	2944	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1767-6.5192	0.205	164	0.1775	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5192-45.9358	0.2274	176	0.204	3080	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.026	-0.0073	0.0184	0.0171	0.0219	0.0903	0.0055	-0.0797	0.0588	0.0801	-0.0811	0.0322	-0.103	0.0107	-0.103	0.1636	-0.1457	0.0384	0.1226	-0.1031	0.1766	55.1319	40.2921	133.7922
2	0.0418	0.0168	-0.0325	0.0029	-0.0219	0.0376	0.0426	-0.0596	0.0048	0.0082	-0.0114	0.008	-0.0121	0.0774	0.037	-0.0357	-0.1004	0.01	-0.049	-0.0206	0.1485	47.8229	11.8289	119.5959
3	0.0373	0.0072	-0.033	0.0411	-0.0381	0.0558	0.0058	-0.0118	0.0133	-0.0248	-0.0396	-0.0729	-0.0094	0.0437	-0.0275	0.112	-0.0717	0.0374	0.0591	-0.0193	0.1626	60.1386	19.4296	119.5708
4	0.0538	-0.0706	0.0051	0.0781	-0.0087	0.2023	0.1521	0.0258	-0.008	-0.0311	0.0664	0.0066	-0.1259	-0.1506	0.4495	0.0393	0.1018	0.0112	0.0054	0.0718	0.1846	18.9442	19.727	115.315
5	0.0046	0.0001	0.0065	0.0002	-0.0039	0.007	0.07	-0.0327	-0.0178	0.0238	0.037	0.0104	0.0005	0.0133	-0	0.2556	-0.053	0.0565	0.3007	-0.0066	0.1903	38.2204	29.2608	148.6134
6	0.0072	-0.0048	-0.0048	0.0123	0.0143	0.0128	0.0769	-0.0212	0.0174	0.0177	-0.0451	-0.0241	-0.0064	-0.032	-0	0.2391	0.0014	0.0332	0.2652	0.0452	0.2292	16.9868	21.9256	137.9988
7	0.032	-0.0152	-0.0324	0.009	0.0206	0.0275	0.1078	-0.1143	-0.0412	0.0737	-0.0233	0.0444	-0.0795	-0.0832	0.0331	0.1809	-0.0229	0.0328	0.1986	0.0653	0.1768	16.9399	22.8724	140.2168
8	0.0083	0.0019	0.0073	0.0052	0.0035	0.0048	0.0452	-0.0756	-0.043	0.0025	-0.0302	-0.0887	-0.0243	-0.0278	0	0.2278	-0.0047	0.0855	0.2563	-0.0034	0.23	24.8863	29.4688	141.5066
9	0.0145	0.0113	-0.016	0.0136	-0.0117	0.0175	-0.0096	0.0554	0.1396	-0.0212	0.0416	0.0235	-0.1226	0.0062	0	0.2654	0.0312	0.0211	0.2841	0.0369	0.1963	23.2011	42.4287	175.8174
10	0.0155	-0.016	0.0174	0.0057	-0.0044	0.0194	0.0555	0.0139	-0.0562	-0.0211	-0.0051	0.0628	-0.0396	-0.0388	0.0004	0.1618	0.0249	0.0093	0.159	0.0068	0.1513	26.1631	21.2135	191.2453
11	0.0444	-0.0054	-0.0204	0.0293	0.0047	0.0193	0.0046	0.0722	-0.0478	0.0236	-0.0136	0.1095	-0.013	-0.0606	-0	0.1992	0.0226	0.0248	0.2666	0.0097	0.2281	16.4076	20.313	191.2269
12	0.0199	0.0147	-0.008	0.0477	-0.0137	0.0308	0.0701	-0.0476	-0.0756	0.0238	-0.0546	-0.0571	-0.043	0.0856	0	0.1812	-0.0098	-0.001	0.1993	-0.028	0.2076	57.3959	18.1319	196.3089
13	0.0043	-0.0043	0.0019	0.0025	0.0055	0.0052	0.0474	0.0392	0.0051	-0.0152	0.0139	-0.0062	0.0166	-0.0498	0	0.2424	0.0032	0.0173	0.3262	0.016	0.1826	39.9024	28.226	164.3069
14	0.0087	0.0014	-0.0074	0.005	0.0003	0.0055	-0.0061	0.0214	-0.0175	-0.0018	-0.0362	-0.0525	0.0309	0.0438	-0	0.2877	-0.0172	0.0296	0.3344	-0.0277	0.2383	63.7962	24.104	175.9559
15	0.0157	0.0108	-0.0051	0.01	-0.0058	0.0031	0.0446	0.0349	-0.0563	-0.0302	-0.0066	-0.0761	0.0262	0.0207	0	0.2218	0.0034	0.0186	0.2519	-0.055	0.1508	58.5896	17.7419	170.4894
16	0.0147	-0.008	0.0152	0.011	-0.0042	0.0114	0.0358	0.0505	-0.026	0.018	0.0199	0.0439	-0.0271	0.0115	-0	0.2315	-0.0011	0.0454	0.3168	-0.0407	0.2016	54.3402	29.3201	169.5818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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