[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5jwc: Structure of NDH2 from plasmodium falciparum in complex with RYL-552 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jwc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of NDH2 from plasmodium falciparum in complex with RYL-552 | ||||||
Components | NADH dehydrogenase, putative | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / PfNDH2 / NDH2 / plasmodium falciparum / malaria / Inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / NADPH:quinone reductase activity / NADH oxidation / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.051 Å | ||||||
Authors | Yu, Y. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2017 Title: Target Elucidation by Cocrystal Structures of NADH-Ubiquinone Oxidoreductase of Plasmodium falciparum (PfNDH2) with Small Molecule To Eliminate Drug-Resistant Malaria Authors: Yang, Y. / Yu, Y. / Li, X. / Li, J. / Wu, Y. / Yu, J. / Ge, J. / Huang, Z. / Jiang, L. / Rao, Y. / Yang, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jwc.cif.gz | 236.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5jwc.ent.gz | 186.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jwc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwc | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5jwaC 5jwbC 4g6gS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AH
#1: Protein | Mass: 60299.215 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-533 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFI0735c / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q8I302, NADH dehydrogenase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 468 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-TRT / #5: Chemical | ChemComp-4W0 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.97 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: protein (10mg/ml) reservoir solution (2.7M sodium acetate trihydrate, pH screen kit from Hampoton Research at 4.8 or 10.0 ) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 21, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 105189 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.462 / Net I/av σ(I): 20.872 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 558294 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4G6G Resolution: 2.051→30.453 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.9
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.27 Å2 / Biso mean: 40.38 Å2 / Biso min: 20.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.051→30.453 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|