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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jrc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NeC3PO in complex with ssRNA. | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / C3PO / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nanoarchaeum equitans (古細菌) unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Gan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Structural basis for single-stranded RNA recognition and cleavage by C3PO 著者: Zhang, J. / Liu, H. / Yao, Q. / Yu, X. / Chen, Y. / Cui, R. / Wu, B. / Zheng, L. / Zuo, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jrc.cif.gz | 334.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jrc.ent.gz | 269 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jrc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jrc_validation.pdf.gz | 488.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jrc_full_validation.pdf.gz | 492.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jrc_validation.xml.gz | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jrc_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jrc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25609.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9 #2: タンパク質 | 分子量: 25480.289 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9 #3: RNA鎖 | | 分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM imidazole/HCl pH 8.0, 200 mM Ca(OAc)2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 71365 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 16.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.505 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.236 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.07 Å
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拘束条件 |
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