PDB-5jqm: Crystal Structure of Phosphatidic acid Transporter Ups1/Mdm35 Voi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jqm

タイトル

Crystal Structure of Phosphatidic acid Transporter Ups1/Mdm35 Void of Bound Phospholipid from Saccharomyces Cerevisiae at 1.5 Angstroms Resolution

要素

Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Lipid transport

機能・相同性

機能・相同性情報

TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization /

ミトコンドリア /

ミトコンドリア内膜 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lu, J. / Chan, K.C. / Zhai, Y. / Fan, J. / Sun, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of mitochondrial phosphatidate transfer by Ups1
著者: Lu, J. / Chan, C. / Yu, L. / Fan, J. / Sun, F. / Zhai, Y.

履歴

登録	2016年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jqm.cif.gz	326 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jqm.ent.gz	264.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jqlSC 6kyl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	0730 6c90-d 3me1-d 4gik-d 6p0e-d 3az8-2 3azb-3 2lmp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35

B: Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35

C: Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35

97 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.563, 68.290, 105.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35 / Unprocessed MGM1 protein 1 分子量: 32345.639 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein of Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C, MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05776, UniProt: O60200
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35 / Unprocessed MGM1 protein 1

分子量: 32345.639 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of Protein UPS1, mitochondrial,Mitochondrial distribution and morphology protein 35
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C, MDM35, YKL053C-A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05776, UniProt: O60200

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8% Tacsimate, pH5.0, 20% PEG 3350, 200mM Sodium thiocyanate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 129446 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 4.286 / Net I/av σ(I): 37.699 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 465057

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.53	3.1	0.42	1	88.9
1.53-1.55	3.5	0.379	1	97
1.55-1.58	3.6	0.315	1	98.1
1.58-1.62	3.5	0.282	1	98.9
1.62-1.65	3.6	0.253	1	99
1.65-1.69	3.6	0.212	1	99.4
1.69-1.73	3.6	0.191	1	99.6
1.73-1.78	3.6	0.155	1	99.8
1.78-1.83	3.6	0.134	1	100
1.83-1.89	3.6	0.119	1	100
1.89-1.96	3.7	0.103	1	100
1.96-2.04	3.7	0.094	1	100
2.04-2.13	3.7	0.087	1	100
2.13-2.24	3.7	0.082	1	100
2.24-2.38	3.7	0.082	1	100
2.38-2.56	3.7	0.082	1	99.9
2.56-2.82	3.7	0.088	1	99.8
2.82-3.23	3.7	0.088	1	99.8
3.23-4.07	3.5	0.072	1	99
4.07-50	3.5	0.07	1	92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		data processing
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JQL

5jql

解像度: 1.5→29.56 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	6414	4.96 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1656	129411	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5610	0	0	811	6421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	7757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.122	2092
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.2575	189	0.2045	3642	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5171-1.5349	0.2262	212	0.1776	3853	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5349-1.5536	0.2213	205	0.1647	4074	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5536-1.5733	0.2143	220	0.1516	4020	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5733-1.594	0.2009	217	0.1432	4117	X-RAY DIFFRACTION	98
1.594-1.6158	0.1937	236	0.1434	4027	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6158-1.6389	0.224	250	0.1405	4038	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6389-1.6634	0.1939	224	0.132	4157	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6634-1.6893	0.2012	206	0.1398	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.717	0.1957	205	0.1436	4156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.7466	0.1781	228	0.1358	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7466-1.7784	0.2037	220	0.1351	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1855	215	0.1337	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1644	212	0.1293	4186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.191	203	0.1312	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.1769	210	0.1341	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9821	0.184	218	0.1361	4120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0357	0.1701	214	0.1303	4166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.187	217	0.1312	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1632	0.197	232	0.143	4151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1632-2.2405	0.191	199	0.1471	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2405-2.3302	0.1893	213	0.1514	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.4362	0.207	213	0.1617	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4362-2.5645	0.2245	217	0.1799	4153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5645-2.7251	0.213	207	0.1766	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7251-2.9353	0.2199	206	0.1792	4160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9353-3.2304	0.2189	228	0.1844	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2304-3.6971	0.2225	207	0.168	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6971-4.655	0.1747	206	0.174	4111	X-RAY DIFFRACTION	97
4.655-29.5657	0.2251	185	0.208	3908	X-RAY DIFFRACTION	90

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)