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万見
- PDB-5jkl: Binary crystal structure of positively and negatively supercharge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jkl
タイトルBinary crystal structure of positively and negatively supercharged variants Ftn(pos) and Ftn(neg) from human heavy chain ferritin (Mg formate condition)
要素(Ferritin heavy ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / protein design (タンパク質設計) / protein engineering (タンパク質工学) / charged protein containers / binary protein structures / self-assembly (自己集合) / binary nanoparticle superlattices
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kuenzle, M. / Beck, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Binary Protein Crystals for the Assembly of Inorganic Nanoparticle Superlattices.
著者: Kunzle, M. / Eckert, T. / Beck, T.
履歴
登録2016年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,96353
ポリマ－257,12912
非ポリマー1,83441
水24,2661347
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)520,301116
ポリマ－515,98224
非ポリマー4,31992
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area98550 Å2
ΔGint-747 kcal/mol
Surface area144840 Å2
手法PISA
2
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,55296
ポリマ－512,53324
非ポリマー3,01972
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area95040 Å2
ΔGint-719 kcal/mol
Surface area142380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.620, 126.620, 174.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

FE

21A-205-

CL

31F-202-

FE

41F-204-

CL

51G-202-

FE

61G-205-

CL

71L-202-

FE

81L-204-

CL

91C-422-

HOH

101D-411-

HOH

111I-302-

HOH

121J-340-

HOH

-
要素

-
Ferritin heavy ... , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / フェリチン / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein / Positively charged variant of ...Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein / Positively charged variant of human heavy chain ferritin


分子量: 21499.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質
Ferritin heavy chain / フェリチン / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein / Negatively charged variant of ...Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein / Negatively charged variant of human heavy chain ferritin


分子量: 21355.549 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

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非ポリマー , 5種, 1388分子

#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.19 M magnesium formate, 4 mg/mL Ftn(pos) and 4 mg/mL Ftn(neg)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.85 Å / Num. obs: 252223 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.46 % / Rmerge(I) obs: 0.0452 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.41 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 5.16 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.5 Å48.85 Å
Translation6.5 Å48.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CEI

2cei


解像度: 1.8→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.751 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1757 12567 5 %RANDOM
Rwork0.1468 ---
obs0.1482 239656 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.76 Å2 / Biso mean: 19.157 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17124 0 56 1347 18527
Biso mean--28.15 25.35 -
残基数----2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01917475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8111.94923463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.912338022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46252052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.8824.94996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.482153318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.20915102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.22451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5441.5818244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5381.5818243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0352.36110284
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 970 -
Rwork0.167 17726 -
all-18696 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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