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- PDB-5jjv: Crystal structure of XerH site-specific recombinase bound to pali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjv
タイトルCrystal structure of XerH site-specific recombinase bound to palindromic difH substrate: post-cleavage complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
  • Tyrosine recombinase XerH
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / Xer / tyrosine recombinase / site-specific recombinase / chromosome dimer resolution / cell cycle (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine-based site-specific recombinase activity / chromosome segregation / DNA recombination / 細胞分裂 / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine recombinase XerH / Xer recombinase, N-terminal / Phage integrase SAM-like domain / Core-binding (CB) domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Core-binding (CB) domain profile. / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Tyrosine recombinase XerH
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bebel, A. / Barabas, O.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural snapshots of Xer recombination reveal activation by synaptic complex remodeling and DNA bending.
著者: Bebel, A. / Karaca, E. / Kumar, B. / Stark, W.M. / Barabas, O.
履歴
登録2016年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22018年9月19日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation_author / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine recombinase XerH
B: Tyrosine recombinase XerH
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,21516
ポリマ－102,3516
非ポリマー86410
水2,756153
1
A: Tyrosine recombinase XerH
B: Tyrosine recombinase XerH
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Tyrosine recombinase XerH
B: Tyrosine recombinase XerH
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,43132
ポリマ－204,70212
非ポリマー1,72920
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area42550 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area66300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.380, 115.220, 235.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-563-

HOH

21B-539-

HOH

31B-556-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine recombinase XerH


分子量: 42000.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: xerH, HP_0675 / プラスミド: pETM-28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O25386

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3998.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5176.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 163分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.8656.98
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
279.151蒸気拡散法6.50.1 M HEPES 0.2M magnesium chloride 37% PEG 400
279.152蒸気拡散法6.30.1 M HEPES 0.2M magnesium chloride 39% PEG 400

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.97908
シンクロトロンESRF ID2920.97908
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2014年4月12日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2014年4月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979081
20.979081
反射

Entry-ID: 5JJV / Rsym value: 0.097

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Diffraction-IDNet I/σ(I)
2.4-46.9634621699.868.10.999114.9
3.15-47.043796097.22.70.994211.17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.498.21.51199.5
3.15-3.22.61.89296.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→46.963 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 2310 5 %
Rwork0.1949 --
obs0.1962 46216 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5574 1202 55 153 6984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5459773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9872661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0211110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45220.32551410.32172681X-RAY DIFFRACTION99
2.4522-2.50920.36771420.30652711X-RAY DIFFRACTION100
2.5092-2.5720.36011430.29842711X-RAY DIFFRACTION100
2.572-2.64150.33771420.28992700X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.71920.27961430.28562714X-RAY DIFFRACTION100
2.7192-2.8070.31451440.27032735X-RAY DIFFRACTION100
2.807-2.90730.30861420.27512705X-RAY DIFFRACTION100
2.9073-3.02370.34771440.26182726X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.16130.32541430.25322730X-RAY DIFFRACTION100
3.1613-3.32790.24831450.23392749X-RAY DIFFRACTION100
3.3279-3.53630.23141450.19772746X-RAY DIFFRACTION100
3.5363-3.80930.21361430.18682735X-RAY DIFFRACTION100
3.8093-4.19240.17731460.15782766X-RAY DIFFRACTION100
4.1924-4.79850.16421460.14842781X-RAY DIFFRACTION100
4.7985-6.04360.17331480.16472798X-RAY DIFFRACTION100
6.0436-46.97220.16941530.15442918X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6112-0.7583-0.50181.57440.51994.83060.11480.51510.1606-0.4589-0.15860.3064-0.2703-0.60150.02860.73090.0521-0.19060.69270.0960.50160.696413.707665.3189
22.82810.15590.16984.25411.9784.23980.03130.4425-0.0824-0.6820.0093-0.0893-0.19750.1573-0.05460.69680.0274-0.0110.66970.15430.433576.209112.066865.2625
38.648-2.5311-1.76146.03051.02642.89450.09930.23550.380.210.0703-0.0018-0.5733-0.0175-0.27440.4288-0.0159-0.09020.470.0470.383865.374621.3951102.0838
42.50620.46840.392.5022-0.5142.06190.06210.01690.197-0.01430.02230.4164-0.0835-0.4417-0.08310.33780.0336-0.00730.55050.04890.389555.199813.0921100.7876
59.78887.32397.05187.10735.54085.78060.2667-0.211-0.61940.35220.2035-0.4929-0.15810.0261-0.53760.44680.03720.04510.54840.04610.442783.077110.6197104.6514
62.1643-0.4064-0.25562.37920.3455.66930.01480.2760.3323-0.71620.0732-0.2803-0.47930.0372-0.10070.8516-0.11160.14790.5860.12760.519695.856325.04665.5924
72.1050.63921.85172.32271.41566.29970.24130.2478-0.0659-0.646-0.1018-0.37270.68850.6793-0.13070.7354-0.01540.21490.60030.00630.5992105.046612.672867.9965
82.9170.4583-0.59383.517-0.30562.55030.1148-0.0790.4005-0.01860.0784-0.285-0.58260.1939-0.18040.5139-0.07410.06360.456-0.01510.390393.944428.0468102.4235
95.8621-5.54682.00735.3226-1.64631.701-0.09660.01330.2668-0.0177-0.0169-0.35630.02210.04960.08520.4563-0.07420.04630.6457-0.03460.4795101.25134.1102102.5742
102.5154-2.4007-2.65526.4881-0.74575.21760.26240.08610.4791-1.09530.0013-0.6517-0.84920.5205-0.33850.7489-0.24350.04550.65810.0280.7291101.603231.835786.2819
112.7567-4.21894.35956.436-6.66416.8741-0.53231.9262.75311.1063-0.0782-0.0168-1.27940.6690.5911.0456-0.0637-0.05560.68330.3661.6523100.23443.932580.9684
125.28262.71890.40458.7849-0.9733.56030.25530.04250.6312-0.0367-0.0482-0.7157-1.16570.5488-0.11840.7831-0.13790.21590.54860.05750.5741101.615432.677285.7339
137.5273-2.9856-5.55185.19324.43285.33670.15430.75620.7402-0.2761-0.5545-0.1487-1.4593-0.74410.5110.78920.2918-0.02560.86990.14090.848546.346727.588190.0405
147.0508-0.8567-0.19953.453-0.32092.85720.01720.59290.1124-0.03650.1150.7623-0.5175-0.5177-0.08810.47660.079-0.04050.56430.08450.458164.334919.519982.4912
154.64392.8727-3.02767.16354.0168.4392-0.334-0.1457-0.69550.37570.1458-0.35640.85630.30320.23840.65720.0985-0.10480.60890.19150.357569.77448.10482.6446
163.9574-5.58540.69178.3146-0.41518.67-0.80530.19940.90850.28850.54040.9416-1.3706-1.7130.22920.87490.2301-0.10920.92590.22690.871951.989731.788984.8319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 196 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 337 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 338 through 361 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 92 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 93 through 176 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 177 through 323 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 324 through 361 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 13 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 14 through 18 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 19 through 30 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1 through 5 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 6 through 13 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 14 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 24 through 30 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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