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- PDB-5j9h: Crystal structure of Glycoprotein C from Puumala virus in the pos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j9h
タイトルCrystal structure of Glycoprotein C from Puumala virus in the post-fusion conformation (pH 8.0)
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Hantavirus (ハンタウイルス) / membrane fusion / conformational changes / enveloped viruses (エンベロープ (ウイルス)) / virus entry
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane ...: / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Puumala virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Willensky, S. / Dessau, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Glycoprotein C from a Hantavirus in the Post-fusion Conformation.
著者: Willensky, S. / Bar-Rogovsky, H. / Bignon, E.A. / Tischler, N.D. / Modis, Y. / Dessau, M.
履歴
登録2016年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6693
ポリマ－48,9861
非ポリマー6832
水18010
1
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0079
ポリマ－146,9593
非ポリマー2,0486
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area18570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area48750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.521, 138.521, 138.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 48986.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puumala virus (strain P360) (ウイルス)
株: P360 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41266
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: Sharp and rounded edges, cubic crystals
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40% PEG 400 0.2 M Lithium sulphate 0.1 M Tris buffer pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49 Å / Num. obs: 15391 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 60.944 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.530.7832.15199.6
2.53-2.550.7262.31199.7
2.55-2.60.6962.42199.5
2.6-2.650.5792.86199.7
2.65-2.70.5173.42199.4
2.7-2.80.4214.1199.7
2.8-3.20.2037.78199.8
3.2-3.60.08915.85199.6
3.6-40.06322.19199.8
4-50.04628.79199.4
5-60.04429.78199.4
6-70.04329.67199.3
7-80.03831.94198.8
8-90.0432.81197.2
9-200.03535.01198.8
200.04231.82186.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J81

5j81


解像度: 2.5→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 26.287 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.709 / ESU R Free: 0.308 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 780 5.1 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.211 14611 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.14 Å2 / Biso mean: 67.716 Å2 / Biso min: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3149 0 44 10 3203
Biso mean--94.11 55.22 -
残基数----413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9594466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85636947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3865412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94424.574129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35515529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6631510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.834.9641651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.834.9621650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4927.4432062
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 56 -
Rwork0.322 1064 -
all-1120 -
obs--99.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.85 Å / Origin y: -9.719 Å / Origin z: 2.287 Å
111213212223313233
T0.0278 Å2-0.0262 Å2-0.0256 Å2-0.0742 Å20.005 Å2--0.1035 Å2
L0.8356 °2-0.0474 °2-0.0547 °2-0.6622 °2-0.038 °2--0.6226 °2
S-0.0026 Å °-0.145 Å °-0.0569 Å °0.0274 Å °0.0112 Å °-0.2054 Å °-0.0564 Å °0.15 Å °-0.0086 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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