[日本語] English
万見
- PDB-5j7e: hEAG PAS domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7e
タイトルhEAG PAS domain
要素Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / KCNH channels / PAS domain / ether-a-go-go channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / myoblast fusion / delayed rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / phosphatidylinositol-mediated signaling / potassium ion transmembrane transport ...Voltage gated Potassium channels / myoblast fusion / delayed rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / voltage-gated potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / phosphatidylinositol-mediated signaling / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / cellular response to calcium ion / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / potassium ion transport / presynaptic membrane / regulation of cell population proliferation / early endosome membrane / perikaryon / calmodulin binding / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 / Potassium channel, voltage-dependent, EAG / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain ...Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 / Potassium channel, voltage-dependent, EAG / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xue, T. / Juan, S. / Xiaohong, Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNo.31400645 中国
Natural Science Foundation of TianjinNo. 15JCQNJC09800 中国
State Key Laboratory of Medicinal Chemical BiologyNo.20150629 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of PAS domain from the hEAG Potassium Channel
著者: Xue, T. / Juan, S. / Xiaohong, Q.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
C: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
E: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
F: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6426
ポリマ－101,6426
非ポリマー00
水0
1
A: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9401
ポリマ－16,9401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.974, 39.058, 106.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1 / hEAG1 / h-eag / Ether-a-go-go potassium channel 1


分子量: 16940.350 Da / 分子数: 6 / 断片: PAS domain, UNP residues 1-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNH1, EAG, EAG1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpKan_Alpha_S (その他)
参照: UniProt: O95259

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 5 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 59648 / % possible obs: 96.36 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Net I/σ(I): 4.14
反射 シェル解像度: 1.905→1.973 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z6C

2z6c


解像度: 1.9→29.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 217422.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 5859 10.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 57859 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.2473 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.26 Å20 Å2-1.32 Å2
2--6.52 Å20 Å2
3----4.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5361 0 0 383 5744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.712.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 798 10.3 %
Rwork0.245 6957 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る