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- PDB-5j5p: AMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Strepto... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j5p | ||||||
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Title | AMP-PNP-stabilized ATPase domain of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae, complex type I | ||||||
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![]() | ISOMERASE/DNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Skamrova, G. / Umrekar, T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Trapping of the transport-segment DNA by the ATPase domains of a type II topoisomerase. Authors: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Skamrova, G.B. / Umrekar, T.R. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 367 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 294.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5j5qC ![]() 1ei1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | ![]() Mass: 45032.457 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ATPase N-terminal domain, residues 1-402 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 1810.205 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 832 molecules ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.7 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-Cl, 30% PEG 400. Temp details: Incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.97→45.177 Å / Num. obs: 88222 / % possible obs: 99.79 % / Redundancy: 6.68 % / CC1/2: 0.9904 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.04 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: derived from 1EI1 Resolution: 1.97→45.177 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.16
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→45.177 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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