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万見
- PDB-5j19: phospho-Pon binding-induced Plk1 dimerization -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j19
タイトルphospho-Pon binding-induced Plk1 dimerization
要素
  • Phosphorylated peptide from Partner of Numb
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Polo-box domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / asymmetric neuroblast division / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / polo kinase / nuclear membrane disassembly ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / asymmetric neuroblast division / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / polo kinase / nuclear membrane disassembly / mitotic nuclear membrane disassembly / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / basal part of cell / Phosphorylation of the APC/C / regulation of protein binding / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / embryonic heart tube development / Polo-like kinase mediated events / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / mitotic chromosome condensation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / sister chromatid cohesion / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / centrosome cycle / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / mitotic cytokinesis / centriolar satellite / spindle midzone / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / 中心小体 / AURKA Activation by TPX2 / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of cytokinesis / RHO GTPases Activate Formins / protein destabilization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / establishment of protein localization / 動原体 / 紡錘体 / spindle / positive regulation of protein localization to nucleus / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / 細胞皮質 / midbody / microtubule binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / クロマチン / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Partner of Numb / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
Model detailsPhospho-Pon binding mediated fine tuning of Plk1 activity
データ登録者Zhu, K. / Shan, Z. / Zhang, L. / Wen, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Phospho-Pon Binding-Mediated Fine-Tuning of Plk1 Activity
著者: Zhu, K. / Shan, Z. / Zhang, L. / Wen, W.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: Phosphorylated peptide from Partner of Numb
D: Phosphorylated peptide from Partner of Numb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5357
ポリマ－57,2594
非ポリマー2763
水1,910106
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
D: Phosphorylated peptide from Partner of Numb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7223
ポリマ－28,6292
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: Phosphorylated peptide from Partner of Numb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8144
ポリマ－28,6292
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.880, 91.997, 159.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 26929.672 Da / 分子数: 2 / 断片: Polo-box domain, UNP residues 367-594 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド Phosphorylated peptide from Partner of Numb / PON


分子量: 1699.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O96561
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 % / Mosaicity: 0.811 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, NaCOOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42369 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 33.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 2.512 / Net I/av σ(I): 32.875 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 233958
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.035.90.6221451.73100
2.03-2.075.80.53921161.859100
2.07-2.115.80.48121341.997100
2.11-2.155.80.37821231.94100
2.15-2.25.80.32321042.055100
2.2-2.255.80.29521492.203100
2.25-2.315.80.27121152.351100
2.31-2.375.80.23321112.333100
2.37-2.445.80.19321342.485100
2.44-2.525.70.17521522.562100
2.52-2.615.70.14921212.632100
2.61-2.715.70.12621292.999.9
2.71-2.845.60.10521433.012100
2.84-2.995.60.09121553.337100
2.99-3.175.40.0821453.009100
3.17-3.425.30.0721343.0999.6
3.42-3.7650.06321093.19197.6
3.76-4.314.80.05420432.85793.2
4.31-5.434.50.04519902.34190.7
5.43-5050.0421172.73191.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UMW

1umw


解像度: 2→39.828 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 2099 5.02 %
Rwork0.213 --
obs0.2142 41823 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.09 Å2 / Biso mean: 33.93 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3573 0 18 106 3697
Biso mean--44.35 31.08 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1614990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4311286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.04650.31221350.270826672802100
2.0465-2.09770.28551420.258126432785100
2.0977-2.15440.28771500.236826722822100
2.1544-2.21780.27561320.229526512783100
2.2178-2.28940.28831280.218226492777100
2.2894-2.37120.2871430.22326662809100
2.3712-2.46610.2491420.217526532795100
2.4661-2.57840.26571480.237626852833100
2.5784-2.71430.26071420.234726732815100
2.7143-2.88430.28721570.235226512808100
2.8843-3.10690.26871480.223826812829100
3.1069-3.41940.22811350.225526882823100
3.4194-3.91380.23781320.20212664279698
3.9138-4.92960.17951180.16782433255189
4.9296-39.83620.18761470.20512648279593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.3262 Å / Origin y: -11.5186 Å / Origin z: -20.0538 Å
111213212223313233
T0.221 Å20.0053 Å20.0176 Å2-0.2181 Å20.013 Å2--0.1539 Å2
L1.4907 °20.6895 °20.5265 °2-0.6798 °20.2037 °2--0.8008 °2
S0.0092 Å °-0.0104 Å °-0.0473 Å °-0.0129 Å °-0.0046 Å °-0.0053 Å °0.0149 Å °0.0315 Å °-0.0129 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA371 - 593
2X-RAY DIFFRACTION1allB365 - 594
3X-RAY DIFFRACTION1allC57 - 65
4X-RAY DIFFRACTION1allD58 - 65
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 29
6X-RAY DIFFRACTION1allE30 - 37
7X-RAY DIFFRACTION1allE38 - 54
8X-RAY DIFFRACTION1allE55 - 75
9X-RAY DIFFRACTION1allE76 - 88
10X-RAY DIFFRACTION1allE89 - 99
11X-RAY DIFFRACTION1allE100 - 106
12X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2
13X-RAY DIFFRACTION1allF3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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