[日本語] English
万見
- PDB-5iyx: Crystal structure of the Arabidopsis receptor kinase HAESA in com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iyx
タイトルCrystal structure of the Arabidopsis receptor kinase HAESA in complex with the peptide hormone IDA and the co-receptor SERK1
要素
  • Protein IDA
  • Receptor-like protein kinase 5
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / membrane receptor kinase / peptide hormone receptor / signaling complex / plant development / organ shedding
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root morphogenesis / regulation of cell diameter / 花粉 / leaf abscission / floral organ abscission / pollen maturation / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / pectin catabolic process / embryo development ending in seed dormancy ...lateral root morphogenesis / regulation of cell diameter / 花粉 / leaf abscission / floral organ abscission / pollen maturation / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / pectin catabolic process / embryo development ending in seed dormancy / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / アポプラスト / receptor serine/threonine kinase binding / Golgi organization / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ / 遺伝子発現の調節 / defense response to Gram-negative bacterium / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Protein IDA-like / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...Protein IDA-like / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-like protein kinase 5 / Protein IDA / Somatic embryogenesis receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Santiago, J. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Mechanistic insight into a peptide hormone signaling complex mediating floral organ abscission.
著者: Santiago, J. / Brandt, B. / Wildhagen, M. / Hohmann, U. / Hothorn, L.A. / Butenko, M.A. / Hothorn, M.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Receptor-like protein kinase 5
B: Protein IDA
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,71613
ポリマ－95,0093
非ポリマー2,70710
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area32670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.507, 100.456, 142.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase 5 / Protein HAESA


分子量: 71675.945 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain, residues 20-620 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: abcsission / 遺伝子: RLK5, HAE, At4g28490, F21O9.180 / 器官: flower花 / プラスミド: pBAC3mod / 細胞株 (発現宿主): BTI38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P47735, 受容体型チロシンキナーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / AtSERK1 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 1


分子量: 21751.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N115D and N163Q
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: abscission zone / 遺伝子: SERK1, At1g71830, F14O23.21, F14O23_24 / 器官: flower花 / プラスミド: pBAC3mod / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI38
参照: UniProt: Q94AG2, 受容体型チロシンキナーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質・ペプチド Protein IDA / Protein INFLORESCENCE DEFICIENT IN ABSCISSION


分子量: 1581.793 Da / 分子数: 1 / 断片: unp RESIDUES 56-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: abscission zone / 遺伝子: IDA, At1g68765, F14K14 / 器官: flower花 / プラスミド: pBAC3mod / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI38 / 参照: UniProt: Q8LAD7

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 137分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 18% PEG 8,000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M citric acid pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 41023 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 59.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IXO, 4LSC

5ixo

4lsc


解像度: 2.43→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 20.027 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23435 2051 5 %RANDOM
Rwork0.19266 ---
obs0.19478 38969 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.535 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---4.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6066 0 176 135 6377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.412.0228718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.038314104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0665797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.69525.882255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.116151049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9183.5543185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9173.5543184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5145.333977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5145.333978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5573.9063204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5563.9073205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5645.7954740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.02434.927302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.02534.89827298
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.427→2.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 138 -
Rwork0.41 2631 -
obs--92.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9468-1.3398-0.88327.47930.33714.91750.2727-0.57320.25261.0344-0.1948-0.2353-0.465-0.4167-0.07790.5697-0.2930.21940.9539-0.10870.32325.11682.968117.8478
24.56740.81780.87251.92460.48245.59060.0714-0.78260.50710.58830.03990.1402-0.55820.0156-0.11140.3607-0.0250.08230.4893-0.04380.130712.78387.13768.6142
32.4141-0.2124-0.53092.76021.04262.85760.173-0.25230.3690.16490.0215-0.3425-0.55020.2819-0.19450.1795-0.0740.00510.2797-0.01690.093626.95348.0868-11.5663
42.665-0.26790.40784.2457-0.07973.14290.08120.04310.02810.08160.0095-0.7342-0.12270.5861-0.09070.0134-0.0352-0.01440.3037-0.02480.13840.2763-11.2472-21.5957
52.95431.48611.12423.20650.44661.27730.2078-0.0331-0.68550.1138-0.0262-0.31420.41340.1115-0.18160.15330.0839-0.02070.2593-0.01040.170826.8479-36.5669-25.0747
63.25010.67441.68151.87251.59143.79110.26730.078-0.4925-0.07090.0213-0.02790.6085-0.367-0.28870.2325-0.0578-0.0810.2082-0.00520.1470.1699-45.9696-40.2739
71.6377-3.4215-0.78417.96473.7325.8629-0.14540.0536-0.3180.106-0.13050.7264-0.3717-0.23530.27580.0842-0.0720.00010.24650.03630.07620.8615-10.2218-14.8246
82.51040.4931-1.79158.6416-1.51899.86660.2903-0.08560.5196-0.0257-0.1018-0.1942-0.73740.1423-0.18850.1329-0.032-0.01170.2024-0.03820.19739.5884-15.852-25.1108
912.40372.6396-1.43222.6915-0.15050.1780.3001-0.3434-0.19710.4927-0.31170.09-0.00250.01340.01150.1122-0.0273-0.01280.2574-0.01850.080310.9235-23.065-20.3612
105.10352.88910.17556.6776-1.97859.9285-0.1590.3087-0.5541-0.1079-0.0762-0.40880.31220.25720.23520.01820.01050.0250.1135-0.02520.067112.2604-26.0975-31.7889
115.30450.98350.36231.64240.34532.956-0.08290.04680.66060.0076-0.00110.2461-0.3233-0.09530.08390.03790.0041-0.00970.1512-0.00440.0934-4.5181-21.8675-34.4
125.81331.3641-2.05254.1224-0.27497.18120.02440.51560.1795-0.5240.18850.26930.3805-0.5815-0.21290.1011-0.0371-0.04230.3093-0.04140.0937-17.505-26.209-40.9522
138.6444-0.8075-3.39240.19860.05664.7740.36080.1987-0.1888-0.24420.0410.27230.2568-1.2047-0.40180.4031-0.1131-0.39910.47310.06170.6024-25.3148-25.258-39.2838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3A125 - 270
4X-RAY DIFFRACTION4A271 - 337
5X-RAY DIFFRACTION5A338 - 520
6X-RAY DIFFRACTION6A521 - 616
7X-RAY DIFFRACTION7B56 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8C26 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9C40 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10C60 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11C76 - 171
12X-RAY DIFFRACTION12C172 - 194
13X-RAY DIFFRACTION13C195 - 211

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る