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- PDB-5iws: Crystal structure of the transporter MalT, the EIIC domain from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iws
タイトルCrystal structure of the transporter MalT, the EIIC domain from the maltose-specific phosphotransferase system
要素Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / transporter (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-N(pi)-phosphohistidine--N-acetyl-D-glucosamine phosphotransferase activity / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / リン酸化 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, IIBC component / Phosphotransferase system, IIB component, type 1 / Phosphotransferase system, EIIC component, type 1 / Phosphotransferase system EIIB, cysteine phosphorylation site / Glucose permease domain IIB / phosphotransferase system, EIIB / PTS EIIB domains cysteine phosphorylation site signature. / PTS_EIIB type-1 domain profile. / PTS_EIIC type-1 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIC / Phosphotransferase system, EIIC
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Ren, Z. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098878 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL086392 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK088057 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54GM087519 米国
American Heart Association12EIA8850017 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)R12MZ 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Structure of a Sugar Transporter of the Glucose EIIC Superfamily Provides Insight into the Elevator Mechanism of Membrane Transport.
著者: McCoy, J.G. / Ren, Z. / Stanevich, V. / Lee, J. / Mitra, S. / Levin, E.J. / Poget, S. / Quick, M. / Im, W. / Zhou, M.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0572
ポリマ－51,7151
非ポリマー3421
水25214
1
A: Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)
ヘテロ分子

A: Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1144
ポリマ－103,4302
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.633, 108.182, 139.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Protein-N(Pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (Enzyme II of the phosphotransferase system) (PTS system glucose-specific IIBC component)


分子量: 51714.781 Da / 分子数: 1 / 断片: PTS EIIC type-1 domain, residues 3-472 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ZK / E33L) (セレウス菌)
株: ZK / E33L / 遺伝子: ptsG, BCE33L0344 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q63GK8, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % / Mosaicity: 1.286 ° / Mosaicity esd: 0.042 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 39% polyethylene glycol 400, 450 mM NaCl, 3% ethanol, and 100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 17976 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 48.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.077 / Net I/av σ(I): 15.769 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 155607
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.617.70.85811760.7880.3290.9220.933100
2.61-2.677.60.77111730.8080.2950.8280.968100
2.67-2.758.40.71111830.8680.2610.7590.987100
2.75-2.838.70.57611730.9080.2060.6131.025100
2.83-2.928.30.46711770.9380.1720.4981.024100
2.92-3.028.40.33911910.9670.1240.3611.047100
3.02-3.149.40.2911900.9790.0990.3061.059100
3.14-3.299.40.22311970.9870.0770.2361.023100
3.29-3.469.40.18111810.9880.0620.1911.037100
3.46-3.689.30.13411950.9950.0460.1421.08100
3.68-3.969.10.10812060.9950.0370.1141.001100
3.96-4.368.70.0912000.9970.0320.0950.974100
4.36-4.997.80.0812200.9960.0290.0860.96100
4.99-6.288.60.08312190.9970.0290.0881.312100
6.28-5090.05312950.9990.0180.0561.61199.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.551→34.832 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 3407 10.04 %RANDOM
Rwork0.2373 30532 --
obs0.2417 33939 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.2 Å2 / Biso mean: 52.3376 Å2 / Biso min: 24.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.551→34.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 23 14 3439
Biso mean--45.26 46.63 -
残基数----443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4474781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9032022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.551-2.58740.35021320.28431197132993
2.5874-2.6260.32151430.287512721415100
2.626-2.6670.28941400.283312741414100
2.667-2.71070.31881420.293912681410100
2.7107-2.75740.30811450.262612781423100
2.7574-2.80760.31511410.27613021443100
2.8076-2.86150.33121440.283912541398100
2.8615-2.91990.34131370.272312571394100
2.9199-2.98340.29411490.263213181467100
2.9834-3.05270.391410.260312381379100
3.0527-3.1290.32891430.26812921435100
3.129-3.21360.39281430.257412751418100
3.2136-3.30810.26681440.262912881432100
3.3081-3.41480.30751400.256912911431100
3.4148-3.53670.27631420.233912591401100
3.5367-3.67810.3031440.226212771421100
3.6781-3.84530.2721430.238812791422100
3.8453-4.04780.27581390.231512721411100
4.0478-4.3010.22011430.23212861429100
4.301-4.63240.30281350.25371240137598
4.6324-5.09720.34041460.215112711417100
5.0972-5.83180.2091490.219612811430100
5.8318-7.33620.29471410.211112921433100
7.3362-34.83550.19711410.182412711412100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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