PDB-5iob: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iob

タイトル

Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein from Corynebacterium glutamicum

要素

Beta-glucosidase-related glycosidases

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG /

beta-N-acetylglucosaminidase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase activity /

beta-N-acetylhexosaminidase /

N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.252 Å

データ登録者

Chang, C. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein from Corynebacterium glutamicum
著者: Chang, C. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iob.cif.gz	951.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iob.ent.gz	818.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nsv-d 1ns8-d 1ns7-d 5u4n-1 4hgd-2 1nsr-d 4yeg-3 1mn0-d 1mmu-d 1nsz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100084

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC100084

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase-related glycosidases

B: Beta-glucosidase-related glycosidases

C: Beta-glucosidase-related glycosidases

D: Beta-glucosidase-related glycosidases

E: Beta-glucosidase-related glycosidases

F: Beta-glucosidase-related glycosidases

G: Beta-glucosidase-related glycosidases

H: Beta-glucosidase-related glycosidases

ヘテロ分子

296 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Beta-glucosidase-related glycosidases

B: Beta-glucosidase-related glycosidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-glucosidase-related glycosidases

D: Beta-glucosidase-related glycosidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Beta-glucosidase-related glycosidases

F: Beta-glucosidase-related glycosidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Beta-glucosidase-related glycosidases

H: Beta-glucosidase-related glycosidases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	308.075, 91.355, 120.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-790- HOH

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Beta-glucosidase-related glycosidases 分子量: 36885.770 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl2852 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q8NLT5, beta-N-acetylhexosaminidase

#1: タンパク質

Beta-glucosidase-related glycosidases

分子量: 36885.770 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl2852 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q8NLT5,

beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 1454分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, MEWS, PEG 5KMME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 158043 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.159 / Χ²: 0.741 / Net I/av σ(I): 9.661 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 931832

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	5.8	0.507	7755	0.899	0.229	0.557	0.564	98.2
2.29-2.33	5.8	0.443	7785	0.925	0.199	0.487	0.567	98.5
2.33-2.38	5.9	0.415	7810	0.93	0.187	0.456	0.58	98.9
2.38-2.42	5.9	0.396	7803	0.933	0.178	0.435	0.61	98.5
2.42-2.48	5.9	0.339	7777	0.957	0.152	0.373	0.618	98.1
2.48-2.53	5.9	0.322	7786	0.952	0.145	0.354	0.651	98.2
2.53-2.6	5.9	0.299	7822	0.967	0.133	0.328	0.66	98.3
2.6-2.67	5.9	0.278	7785	0.969	0.125	0.306	0.715	98.2
2.67-2.75	5.9	0.258	7761	0.968	0.116	0.283	0.721	98.3
2.75-2.83	6	0.228	7853	0.974	0.102	0.251	0.723	98.2
2.83-2.94	5.9	0.208	7800	0.976	0.094	0.229	0.737	98.4
2.94-3.05	5.9	0.183	7914	0.977	0.083	0.202	0.751	99.3
3.05-3.19	5.9	0.167	7937	0.982	0.076	0.184	0.827	99.6
3.19-3.36	5.9	0.146	7981	0.983	0.067	0.161	0.864	99.8
3.36-3.57	5.9	0.135	7965	0.986	0.062	0.148	0.952	99.8
3.57-3.85	5.9	0.121	8025	0.989	0.055	0.133	0.953	99.8
3.85-4.23	5.9	0.111	7987	0.988	0.05	0.123	0.98	99.3
4.23-4.85	5.8	0.098	8051	0.99	0.045	0.109	0.915	99.1
4.85-6.1	6.1	0.095	8146	0.992	0.042	0.104	0.747	99.7
6.1-50	5.9	0.081	8300	0.994	0.036	0.089	0.668	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.252→37.277 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.47 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	12918	4.96 %
R_work	0.209	247483	-
obs	0.2113	155180	84.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.04 Å² / B_iso mean: 41.8947 Å² / B_iso min: 12.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.252→37.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18531	0	83	1443	20057
B_iso mean	-	-	68.93	45.17	-
残基数	-	-	-	-	2522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	19068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	26030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3468
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.048	11308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2519-2.2775	0.3454	236	0.2823	4244	4480	43
2.2775-2.3043	0.3303	283	0.2597	5194	5477	53
2.3043-2.3324	0.2928	281	0.2568	5372	5653	55
2.3324-2.3619	0.3033	364	0.2562	5594	5958	58
2.3619-2.393	0.3064	323	0.2589	5958	6281	61
2.393-2.4258	0.3178	307	0.2518	6315	6622	65
2.4258-2.4604	0.3054	374	0.2463	6716	7090	69
2.4604-2.4971	0.3102	369	0.2557	7118	7487	73
2.4971-2.5361	0.2962	356	0.2396	7573	7929	76
2.5361-2.5777	0.3328	441	0.2316	7854	8295	81
2.5777-2.6221	0.2962	487	0.234	8208	8695	84
2.6221-2.6698	0.2772	438	0.2441	8509	8947	87
2.6698-2.7211	0.2928	465	0.2468	8756	9221	90
2.7211-2.7767	0.2948	436	0.2431	9131	9567	92
2.7767-2.837	0.2906	473	0.2301	9211	9684	94
2.837-2.903	0.3147	506	0.2425	9286	9792	95
2.903-2.9756	0.2982	492	0.238	9307	9799	95
2.9756-3.056	0.2768	481	0.235	9463	9944	96
3.056-3.1459	0.2961	537	0.2452	9440	9977	96
3.1459-3.2473	0.2617	464	0.2295	9532	9996	97
3.2473-3.3633	0.2843	553	0.2124	9479	10032	97
3.3633-3.4979	0.283	474	0.2042	9539	10013	97
3.4979-3.657	0.2222	507	0.2001	9502	10009	97
3.657-3.8496	0.24	499	0.1869	9426	9925	96
3.8496-4.0905	0.2191	454	0.1763	9510	9964	97
4.0905-4.4059	0.2169	472	0.1696	9434	9906	96
4.4059-4.8484	0.1822	509	0.1596	9466	9975	96
4.8484-5.548	0.1964	422	0.1639	9636	10058	98
5.548-6.9824	0.2404	488	0.1944	9621	10109	98
6.9824-37.2822	0.2196	427	0.201	9089	9516	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3042	-0.2499	0.0905	-0.0623	0.1049	1.0021	-0.0985	-0.0181	-0.0612	0.0853	-0.0024	-0.0741	0.1012	-0.1328	-0.243	0.1795	-0.0638	0.0094	0.1707	-0.0578	0.1676	47.7432	-15.0801	149.5543
2	0.1402	0.0067	0.1592	0.0547	0.0454	0.0974	-0.0554	0.0478	-0.011	0.0524	-0.0338	0.0506	-0.039	-0.1609	-0.048	0.2123	-0.07	-0.0165	0.2504	-0.0805	0.1652	41.5743	-16.122	131.5121
3	0.0613	0.047	-0.0047	0.2633	0.2791	0.2751	-0.0167	-0.1367	0.0388	-0.0292	-0.2379	-0.2301	-0.0821	-0.4463	-0.0576	0.227	0.006	-0.0559	0.4054	-0.1717	0.1837	31.7336	-7.0824	144.0082
4	0.0544	-0.0277	0.0505	0.1499	0.0061	0.0299	-0.0341	-0.0082	-0.0516	-0.1056	0.0328	0.0433	0.1185	-0.0023	-0.009	0.2096	-0.0387	0.0255	0.2003	0.0619	0.1961	89.5701	-12.4383	144.3487
5	0.263	0.2214	0.2202	0.1329	-0.083	0.2363	-0.04	0.1068	-0.1267	0.0259	0.0565	0.1642	0.0453	-0.0099	0.0207	0.2088	-0.0278	0.0022	0.221	0.0005	0.1588	72.9704	-14.8366	147.0974
6	0.3036	-0.065	0.1457	0.1284	0.0251	0.0538	-0.0788	-0.2325	-0.1081	0.0353	0.0048	-0.0535	0.113	-0.0642	-0	0.2276	-0.0012	-0.0066	0.2193	0.0155	0.1921	69.7963	-20.4448	157.9813
7	0.0425	-0.0743	0.0334	0.1277	0.0596	0.2331	-0.3538	-0.4122	-0.4629	-0.0766	-0.372	0.23	0.1941	-0.2433	-0.7933	0.1549	-0.0066	0.0754	-0.3162	0.5721	-0.2304	76.3177	-20.1677	165.6201
8	0.0691	0.008	-0.1493	0.0497	-0.1017	0.2224	-0.0325	-0.0479	-0.1237	0.0517	0.098	0.0723	0.0557	0.0837	0.0384	0.2205	0.0476	0.0441	0.205	0.0821	0.2168	86.2886	-17.8125	167.5935
9	0.1043	0.0731	-0.0327	0.134	0.0791	0.0984	-0.0764	-0.3048	0.0338	-0.1809	-0.2569	0.145	0.1016	0.1426	-0.06	0.2285	0.0292	-0.009	0.1616	0.1397	0.2097	90.3876	-5.6625	159.069
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25	0.1395	-0.0826	-0.1044	0.0226	0.1302	0.1202	-0.2476	0.7003	0.1173	-0.1107	0.0362	0.0462	-0.0661	0.0376	0.0001	0.317	-0.0904	-0.0353	0.627	0.0081	0.3713	161.8739	-9.6545	101.5971
26	0.0109	-0.0425	0.0113	0.0335	-0.0394	0.0775	-0.0094	0.0044	-0.0424	0.1929	-0.0488	0.0664	-0.0296	0.2001	0	0.4191	-0.0547	-0.0198	0.5259	-0.0437	0.4702	153.7263	-13.0516	108.2812
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34	-0.0114	0.0518	-0.0618	0.086	0.0459	0.169	0.0295	-0.0726	0.101	-0.1624	-0.0965	-0.0348	0.0522	0.2083	-0	0.3257	-0.028	0.0267	0.3558	0.0544	0.2822	119.5687	-29.6719	189.0752
35	0.4127	-0.0203	-0.3252	0.1694	0.2749	0.4298	0.1006	0.1223	0.1124	-0.021	-0.0821	-0.2068	0.1638	0.0509	-0	0.3538	-0.0031	0.0054	0.3251	0.0664	0.247	109.9963	-36.2198	178.751
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41	0.172	-0.0582	0.2014	-0.0016	-0.0718	0.2054	-0.0904	-0.1886	0.1135	0.1768	0.0853	0.0433	0.0397	0.1936	-0	0.401	-0.0872	0.0225	0.4361	0.0373	0.538	173.733	-34.3446	167.1768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 55 through 223 )	A	55 - 223
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 224 through 315 )	A	224 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 316 through 389 )	A	316 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 55 through 110 )	B	55 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 111 through 159 )	B	111 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 160 through 205 )	B	160 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 206 through 260 )	B	206 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 261 through 315 )	B	261 - 315
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 316 through 343 )	B	316 - 343
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 344 through 389 )	B	344 - 389
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 51 through 68 )	C	51 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 69 through 276 )	C	69 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 277 through 303 )	C	277 - 303
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 304 through 389 )	C	304 - 389
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 50 through 68 )	D	50 - 68
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 69 through 205 )	D	69 - 205
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 206 through 260 )	D	206 - 260
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 261 through 315 )	D	261 - 315
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 316 through 389 )	D	316 - 389
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 55 through 115 )	E	55 - 115
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 116 through 276 )	E	116 - 276
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 277 through 303 )	E	277 - 303
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 304 through 389 )	E	304 - 389
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 52 through 68 )	F	52 - 68
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 69 through 123 )	F	69 - 123
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 124 through 141 )	F	124 - 141
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 142 through 223 )	F	142 - 223
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 224 through 269 )	F	224 - 269
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 270 through 315 )	F	270 - 315
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 316 through 343 )	F	316 - 343
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 344 through 389 )	F	344 - 389
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 50 through 68 )	G	50 - 68
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 69 through 223 )	G	69 - 223
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 224 through 303 )	G	224 - 303
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 304 through 389 )	G	304 - 389
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 55 through 93 )	H	55 - 93
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 94 through 205 )	H	94 - 205
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 206 through 260 )	H	206 - 260
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 261 through 315 )	H	261 - 315
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 316 through 343 )	H	316 - 343
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 344 through 389 )	H	344 - 389

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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