+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nsz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of galactose mutarotase from Lactococcus lactis mutant H170N complexed with glucose | ||||||
要素 | GALACTOSE MUTAROTASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / MUTAROTASE / EPIMERASE / GALACTOSE METABOLISM (ガラクトース) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アルドース-1-エピメラーゼ / aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Holden, H.M. / Thoden, J.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003 タイトル: The Catalytic Mechanism of Galactose Mutarotase 著者: Thoden, J.B. / Kim, J. / Raushel, F.M. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nsz.cif.gz | 156.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nsz.ent.gz | 120.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1nsz | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1ns0C 1ns2C 1ns4C 1ns7C 1ns8C 1nsmC 1nsrC 1nssC 1nsuC 1nsvC 1nsxC 1l7jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38598.910 Da / 分子数: 2 / 変異: H170N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q9ZB17, アルドース-1-エピメラーゼ #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MES, methylether PEG-5000, NaCl, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年8月26日 / 詳細: GOEBEL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GOEBEL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 72991 / Num. obs: 72991 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8411 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 91.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.0384 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1L7J 解像度: 1.75→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 65700 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|