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万見
- PDB-5ikd: Asymmetric sulfoxidation by engineering the heme pocket of a dye-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikd
タイトルAsymmetric sulfoxidation by engineering the heme pocket of a dye-decolorizing peroxidase
要素Dye-decolorizing peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DECOLORIZING PEROXIDASE (DYP) / F359G VARIANT / HEME (ヘム)
機能・相同性
機能・相同性情報


dye decolorizing peroxidase / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / DyP dimeric alpha+beta barrel domain / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dye-decolorizing peroxidase AauDyP1
類似検索 - 構成要素
生物種Auricularia auricula-judae (キクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.109 Å
データ登録者Romero, A. / Davo-Siguero, I. / Martinez, A.T.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-55448-P スペイン
引用
ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2016
タイトル: Asymmetric sulfoxidation by engineering the heme pocket of a dye-decolorizing peroxidase
著者: Linde, D. / Canellas, M. / Davo-Siguero, I. / Romero, A. / Lucas, F. / Ruiz-Duenas, F.J. / Guallar, V. / Martinez, A.T.
#1: ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2015
タイトル: Catalytic surface radical in dye-decolorizing peroxidase: a computational, spectroscopic and site-directed mutagenesis study.
著者: Pogni, R. / Canellas, M. / Lucas, F. / Guallar, V. / Baratto, M.C. / Sinicropi, A. / Saez-Jimenez, V. / Coscolin, C. / Romero, A. / Medrano, F.J. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, A.T.
履歴
登録2016年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dye-decolorizing peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3302
ポリマ－46,7141
非ポリマー6161
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.928, 56.065, 82.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1098-

HOH

21A-1171-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dye-decolorizing peroxidase


分子量: 46713.805 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 64-509 / 変異: F359G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Auricularia auricula-judae (キクラゲ)
遺伝子: dyp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2DBY1, dye decolorizing peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M magnesium formate and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.109→46.63 Å / Num. obs: 184770 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 9.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.11-1.175.10.753196.4
3.51-46.635.50.059199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W7J

4w7j


解像度: 1.109→41.261 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1581 1897 1.03 %
Rwork0.1495 --
obs0.1496 184736 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.87 Å2 / Biso mean: 14.0754 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.109→41.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 73 576 3947
Biso mean--8.62 24.72 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9874703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7141208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1089-1.13660.24611460.2301126911283796
1.1366-1.16740.21881340.202128091294396
1.1674-1.20170.18831490.1855127441289397
1.2017-1.24050.16781290.1796129031303297
1.2405-1.28490.16821190.1641128461296597
1.2849-1.33630.14271320.1532130431317598
1.3363-1.39710.16591390.1461130111315098
1.3971-1.47080.17291300.1377131011323199
1.4708-1.56290.1471340.1295132041333899
1.5629-1.68360.14221190.1313131591327899
1.6836-1.8530.14721400.141132701341099
1.853-2.12120.15291400.1464132621340299
2.1212-2.67240.14761520.14991332913481100
2.6724-41.28920.15321340.142134671360199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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