PDB-5ijv: Crystal structure of bovine Fab E03

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ijv

タイトル

Crystal structure of bovine Fab E03

要素

bovine Fab E03 heavy chain
bovine Fab E03 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fab ultralong CDR H3

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2016
タイトル: Conservation and diversity in the ultralong third heavy-chain complementarity-determining region of bovine antibodies.
著者: Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Smider, V.V.

履歴

登録	2016年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ijv.cif.gz	975.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ijv.ent.gz	837.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ijv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ijv_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ijv_full_validation.pdf.gz	506 KB	表示
XML形式データ	5ijv_validation.xml.gz	62.6 KB	表示
CIF形式データ	5ijv_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/5ijv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/5ijv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5e99C 5ihuC 5iltC 4k3dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1704 5ihu-d 5e99-d 4k3e-1 5ilt-d 3aib-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: bovine Fab E03 light chain

H: bovine Fab E03 heavy chain

A: bovine Fab E03 light chain

B: bovine Fab E03 heavy chain

C: bovine Fab E03 light chain

D: bovine Fab E03 heavy chain

E: bovine Fab E03 light chain

F: bovine Fab E03 heavy chain

197 kDa, 8 ポリマー
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1

L: bovine Fab E03 light chain

H: bovine Fab E03 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: bovine Fab E03 light chain

B: bovine Fab E03 heavy chain

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3

C: bovine Fab E03 light chain

D: bovine Fab E03 heavy chain

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4

E: bovine Fab E03 light chain

F: bovine Fab E03 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.244, 221.737, 67.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	bovine Fab E03 light chain 分子量: 22548.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3T101*PLUS
#2: 抗体	bovine Fab E03 heavy chain 分子量: 26815.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2M NaCl 16.5% PEG 8000 0.1M phosphate-citrate buffer

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.1 Å / Num. obs: 89569 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4k3d

4k3d

解像度: 2.2→49.1 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	3804	4.29 %
R_work	0.2043	-	-
obs	0.2061	88706	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13567	0	0	339	13906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.68	18955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.542	8352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2001-2.2279	0.3388	101	0.285	2140	X-RAY DIFFRACTION	68
2.2279-2.2572	0.3001	153	0.2745	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2572-2.2881	0.2657	133	0.2706	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.3208	0.346	146	0.2655	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.3555	0.3352	147	0.2683	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3555-2.3923	0.3139	125	0.2621	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4315	0.2902	147	0.2533	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4315-2.4734	0.2877	158	0.2573	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4734-2.5184	0.3013	136	0.2645	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5668	0.3561	140	0.2552	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5668-2.6192	0.2967	146	0.2525	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6192-2.6762	0.2862	130	0.245	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6762-2.7384	0.349	143	0.2499	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7384-2.8069	0.2717	142	0.2362	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8069-2.8828	0.3147	142	0.2246	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8828-2.9676	0.3168	144	0.2289	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9676-3.0634	0.2543	141	0.2229	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0634-3.1728	0.2658	140	0.2253	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.2998	0.2701	144	0.2245	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2998-3.45	0.243	141	0.2191	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.6318	0.2659	141	0.2005	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6318-3.8593	0.2437	140	0.1947	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8593-4.1571	0.209	143	0.1797	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1571-4.5752	0.1861	145	0.1516	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5752-5.2366	0.181	149	0.1429	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2366-6.595	0.1845	145	0.1704	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
6.595-49.1122	0.2063	142	0.172	3213	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1177	0.9238	-0.6105	4.9513	-0.0402	2.275	-0.0634	0.0415	-0.2698	-0.2346	0.1785	-0.5793	-0.0794	0.058	-0.0838	0.304	-0.013	0.0246	0.2223	-0.0068	0.3273	44.7953	11.1543	27.4216
2	3.6479	-0.1993	0.3966	0.2534	-0.4174	1.1761	-0.0018	-0.0977	0.0592	0.3263	-0.0736	-0.0832	0.0669	-0.0051	0.0331	0.2052	-0.047	0.0421	0.3114	-0.0486	0.2536	69.736	-10.2398	25.3624
3	4.4671	0.693	1.1516	6.0922	-0.1114	2.6293	-0.0231	0.1064	0.0051	-0.4452	-0.0146	-0.1304	-0.0281	0.0815	0.0516	0.2276	-0.0061	0.0516	0.2691	0.0058	0.2794	76.2666	-12.5755	20.9752
4	2.8095	-1.4104	-0.846	5.9135	1.5134	1.5397	-0.1265	-0.0808	-0.4406	-0.0219	0.0643	0.194	0.0633	0.0073	0.0784	0.2734	-0.0076	-0.0243	0.2892	0.0418	0.4344	34.0082	-7.3485	25.0578
5	8.5137	-1.2188	1.3985	2.8574	2.8663	3.92	0.4766	-0.2269	1.2331	0.298	-0.6513	-0.1062	-0.2336	-0.4907	0.282	0.6321	-0.0928	-0.0081	0.587	0.0816	1.6889	11.788	30.5684	35.8151
6	1.7179	-2.5779	-0.4869	4.0818	0.6297	0.4791	0.0493	0.0992	-0.022	-0.0089	-0.155	0.1303	-0.0656	-0.0572	0.0807	0.2959	-0.0175	0.0063	0.3562	0.0462	0.48	37.3525	-3.039	25.5321
7	3.798	1.5203	1.133	3.5518	0.6794	5.617	0.0702	-0.1662	0.2004	0.3266	-0.0703	-0.1877	-0.1976	0.2826	0.0146	0.2613	0.0029	-0.0008	0.2196	-0.0224	0.3323	63.1012	-18.9764	30.2008
8	6.808	-1.448	0.5452	4.1907	-0.6749	2.299	0.0017	0.3529	-0.4674	-0.087	0.08	0.1034	0.107	-0.1364	-0.0018	0.2485	-0.0123	-0.0251	0.2251	-0.0477	0.2207	62.1389	-79.0885	27.2256
9	1.2116	-1.4499	0.6571	3.4621	-0.3057	0.2675	0.0676	0.0387	0.049	-0.0955	-0.0869	0.0289	-0.0126	0.0438	-0.0081	0.2411	-0.0284	0.0318	0.3452	-0.0064	0.0683	53.5132	-56.5362	22.0096
10	2.7011	0.6042	-0.1524	3.8246	-1.4816	4.3826	-0.0766	0.2758	-0.1116	-0.1792	0.0129	-0.1732	0.2096	-0.0958	0.0438	0.1912	0.0201	0.052	0.2979	-0.0432	0.1466	49.4936	-53.4913	18.3668
11	0.9906	-0.1143	-0.2147	8.5341	-0.506	0.3904	0.0772	0.0249	0.2042	-0.502	0.0145	-0.1377	-0.0129	0.0792	-0.1286	0.3183	-0.0107	-0.0773	0.356	-0.0313	0.4402	80.4355	-69.6475	31.0142
12	1.8119	-3.0999	0.3351	5.4692	-1.2042	0.8679	0.1907	0.2027	0.0028	-0.2357	-0.2933	-0.2162	0.1878	0.0219	0.0529	0.2451	-0.0422	-0.0183	0.2932	-0.0439	0.3515	67.4927	-64.2065	25.9118
13	4.3287	0.3624	-0.7049	5.5344	0.0283	3.0635	0.0116	0.0387	0.0686	0.6606	-0.121	0.5963	-0.0838	-0.4798	0.0507	0.3327	-0.0088	0.0843	0.3115	-0.011	0.1792	49.1329	-38.3623	30.0993
14	4.6564	2.5805	-0.2031	5.5762	-0.2554	3.225	-0.0972	-0.4059	1.3225	-0.1385	-0.0562	-0.1069	-0.2245	-0.0189	0.0837	0.3038	0.0176	0.017	0.3364	-0.1214	0.778	35.6563	-17.8069	53.7258
15	3.1387	0.368	-0.3779	0.1859	-0.445	0.8844	0.1524	-0.1602	0.2068	0.268	-0.1669	0.2911	0.0298	0.2855	0.0755	0.2496	-0.0232	0.0627	0.4274	-0.0221	0.3047	60.783	-39.9155	54.9773
16	3.3533	1.6433	-0.1393	4.0144	-2.0655	2.8354	0.0233	-0.0503	0.0124	-0.5958	-0.2114	-0.1999	0.3129	0.3041	0.2003	0.292	0.0752	0.0592	0.4644	0.0478	0.2832	66.6944	-42.4967	51.0695
17	6.5617	-1.3761	-0.8363	8.2555	-0.6657	1.0217	-0.113	-0.377	-0.09	0.2666	-0.2378	0.1868	0.4247	-0.3107	-0.1006	0.2346	0.0406	0.0077	0.3919	0.0164	0.3104	31.0847	-45.947	53.7894
18	4.6337	-0.2064	0.3988	6.9193	-0.4672	0.9296	0.0019	-0.7527	-0.0043	1.0776	0.0018	-0.0952	-0.1463	-0.1174	-0.1063	0.3658	0.0329	0.0409	0.4822	0.0259	0.1571	25.5238	-37.312	60.0767
19	5.2039	-1.564	0.1242	5.5955	0.2932	1.1184	0.0747	-0.2613	0.3094	-0.2333	0.1208	0.329	0.0063	-0.176	-0.1933	0.2717	0.0219	0.0163	0.3681	0.0287	0.2428	22.8944	-34.255	52.812
20	0.9184	1.4706	-1.6983	2.7728	-3.8863	6.5926	-0.7667	-0.409	-0.2708	-0.4082	-1.3554	0.3016	-0.4858	0.0697	2.5038	1.7176	-0.0045	-0.1396	1.3095	0.0293	1.2278	4.7141	1.8251	58.5058
21	3.3218	-2.6157	0.3385	2.4991	-0.7035	1.0524	-0.3317	-0.2483	0.8188	0.5753	0.0772	0.9253	-0.6913	-0.4316	0.3617	0.5776	0.139	-0.0793	0.6982	-0.2413	1.4279	12.7955	-11.5181	56.4646
22	6.3552	-4.3498	0.4413	5.6107	-1.4515	0.5331	0.0486	-0.3492	0.0846	-0.3665	0.1321	-0.4396	0.0434	-0.0477	-0.1607	0.3107	0.0136	0.0593	0.4177	0.0312	0.1496	39.3341	-48.3571	50.3589
23	7.3221	3.0782	0.8885	8.0591	2.2333	5.1026	0.2781	-0.0666	0.1021	0.4154	0.2708	-0.3879	-0.0365	1.0699	-0.6777	0.2535	-0.0168	0.0571	0.5905	-0	0.2422	59.5742	-50.595	60.73
24	6.6483	2.1319	0.4917	5.3599	-2.1224	1.2933	-0.1527	-0.0133	1.149	0.052	-0.1129	0.4557	0.0123	-0.2147	0.1244	0.2658	0.0122	0.0536	0.3183	0.0398	0.3393	50.624	-45.7305	57.7973
25	6.533	3.4068	-0.6308	4.0059	3.0941	5.537	0.6079	-1.0255	0.6883	0.5257	-0.2101	-0.119	-0.2083	0.6341	-0.3663	0.3404	-0.0693	0.0113	0.579	-0.0735	0.4128	55.8426	-47.0873	65.8823
26	1.0426	1.6757	-1.2297	5.344	0.8759	4.6841	0.5754	-1.2012	-0.1739	0.5868	-0.4366	-0.4567	0.1052	0.1094	-0.1162	0.2671	-0.0915	0.084	0.4953	0.0576	0.2084	53.7085	-54.0964	64.6262
27	3.4624	-0.8003	-1.7352	1.7408	-1.6551	4.8206	-0.0527	0.1368	-0.1228	-1.0843	0.2321	0.8943	0.2236	-0.7383	-0.0423	1.3166	-0.0881	-0.4402	0.7879	-0.0612	1.0011	44.9982	-104.294	68.4773
28	1.0858	-1.4213	-1.5556	1.877	1.9483	2.0751	-0.1373	0.2669	0.0146	-0.8062	-0.2013	0.2498	-0.6103	-0.111	0.3804	2.6463	0.1181	-0.1744	0.7455	-0.0209	1.3255	57.4506	-111.1307	64.687
29	5.854	2.6091	-2.8405	7.1549	2.5145	3.7958	0.4725	-0.1806	-1.276	-1.1038	-0.7857	0.8232	1.134	0.859	0.2551	1.222	0.3841	-0.3112	0.5966	-0.0291	0.644	56.4736	-98.4089	74.5066
30	1.6608	-0.0904	0.4429	0.082	-0.0216	0.1379	-0.8332	-0.0524	-0.478	-0.2672	-0.2341	0.6442	1.0951	-0.4171	0.6091	1.352	0.0194	-0.0876	0.9198	0.2498	0.8722	56.9472	-108.5561	80.0474
31	1.2704	-1.655	-1.85	2.2607	2.4521	2.6781	-0.7265	0.0035	-0.4942	-0.7867	0.2095	0.0554	-0.4101	-0.8023	0.567	1.9815	-0.0858	-0.3261	0.7577	0.1687	1.1752	52.6875	-112.3271	70.2241
32	2.8997	-3.0263	1.6835	8.169	0.0713	1.6969	0.0662	-0.4581	0.4813	-1.5048	0.4694	0.3558	0.8025	0.0025	-0.5986	1.4058	-0.0038	-0.437	0.6156	-0.1144	1.1474	49.9998	-100.9866	74.0364
33	3.048	-1.9641	-3.2777	5.3663	2.7896	4.9935	-0.7099	0.4135	0.1347	-1.0101	0.4381	-0.2752	1.6565	1.0878	0.1394	2.1996	0.5443	-0.2998	0.962	-0.0719	0.7391	65.3744	-104.4451	62.0452
34	2.1641	-2.3709	1.9525	4.6387	-2.0987	3.3643	1.1457	-0.7225	-1.3964	0.5061	0.3393	0.4192	1.4493	-0.7136	-1.2529	0.8644	-0.2182	-0.3789	0.7967	0.1933	1.1001	36.9653	-95.4018	70.0145
35	5.4012	0.0675	0.0383	3.6623	-0.137	3.641	0.2394	0.6615	-1.0037	-0.2961	-0.0663	0.0029	0.5818	0.134	-0.065	0.3537	0.0638	-0.0481	0.4936	-0.1638	0.4009	39.2425	-81.5029	53.5977
36	0.8434	0.0328	-0.4158	3.4681	-0.4878	0.7668	0.3984	0.6138	-0.1108	-0.2806	-0.5013	-0.2689	1.199	1.4519	-0.1744	1.013	0.5779	0.0898	1.237	0.1748	1.0013	71.9755	-89.6839	66.2264
37	0.8994	-1.2389	-0.1839	4.0261	-0.3656	0.197	-0.3036	-0.0506	-0.1123	0.0704	-0.041	-0.7042	0.5205	0.1895	0.2479	0.7609	0.1923	0.2048	0.5984	0.085	0.4982	59.2682	-93.271	64.6578
38	5.2022	1.4253	0.168	6.08	-0.3683	4.2691	-0.0447	0.0109	0.6756	-0.0466	-0.2687	0.9743	0.1811	-0.5614	0.0018	0.2407	-0.0202	0.0653	0.4951	-0.1018	0.1225	36.8981	-64.873	63.1721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 3 through 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 102 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 130 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 2 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 106 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 126 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 156 through 249 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3 through 92 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 93 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 140 through 211 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 181 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3 through 101 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 102 through 129 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 130 through 211 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 2 through 17 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 18 through 39 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 40 through 104 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 105 through 117 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 118 through 139 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 140 through 155 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 156 through 181 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 182 through 211 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 212 through 235 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 236 through 251 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 3 through 18 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 19 through 33 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 34 through 48 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 49 through 61 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 62 through 75 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 76 through 91 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 92 through 101 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 102 through 113 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 114 through 211 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 3 through 87 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 88 through 213 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 214 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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