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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i9v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase with AGS | ||||||
要素 | Ephrin type-A receptor 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TYROSINE-PROTEIN KINASE / RECEPTOR (受容体) / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / bone remodeling / transmembrane-ephrin receptor activity / post-anal tail morphogenesis / response to growth factor / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / 密着結合 / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RAC2 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 脈管形成 / regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / 運動性 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 軸索誘導 / 受容体型チロシンキナーゼ / ruffle membrane / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / 遊走 / virus receptor activity / lamellipodium / receptor complex / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / 炎症 / リン酸化 / focal adhesion / 樹状突起 / 細胞膜 / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.458 Å | ||||||
データ登録者 | Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Gande, S.L. / Sreeramulu, S. / Saxena, K. / Heinzlmeir, S. / Medard, G. / Kuester, B. / Schwalbe, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016 タイトル: Chemical Proteomics and Structural Biology Define EPHA2 Inhibition by Clinical Kinase Drugs. 著者: Heinzlmeir, S. / Kudlinzki, D. / Sreeramulu, S. / Klaeger, S. / Gande, S.L. / Linhard, V. / Wilhelm, M. / Qiao, H. / Helm, D. / Ruprecht, B. / Saxena, K. / Medard, G. / Schwalbe, H. / Kuster, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i9v.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i9v.ent.gz | 57.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5i9uC 5i9wC 5i9xC 5i9yC 5i9zC 5ia0C 5ia1C 5ia2C 5ia3C 5ia4C 5ia5C 1mqbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34462.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 596-900 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand ID AGS: ATPgammaS / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29317, 受容体型チロシンキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-AGS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 33.75 % MPD_P1k_P3350, 0.1 M AminoAcidsMix, 0.1 M Buffer3 pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.458→39.263 Å / Num. obs: 43550 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.97 % / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 17.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.55 Å / Rpim(I) all: 0.737 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MQB 解像度: 1.458→39.263 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.36
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.458→39.263 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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