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- PDB-5i8x: Bicyclic antimibrocial peptides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8x
タイトルBicyclic antimibrocial peptides
要素
  • DLS-LYS-CYS-LYS-LEU-CYS-LYS-LYS-NH2
  • Fucose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Bicycle (自転車) / Antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) / pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / biofilm (バイオフィルム)
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZDC / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Di Bonaventura, I. / Jin, X. / Visini, R. / Michaud, G. / Robadey, M. / Koehler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Chemical space guided discovery of antimicrobial bridged bicyclic peptides against Pseudomonas aeruginosa and its biofilms.
著者: Di Bonaventura, I. / Jin, X. / Visini, R. / Probst, D. / Javor, S. / Gan, B.H. / Michaud, G. / Natalello, A. / Doglia, S.M. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
E: DLS-LYS-CYS-LYS-LEU-CYS-LYS-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,13317
ポリマ－47,9875
非ポリマー1,14512
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.424, 79.202, 52.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL / Photopexin A


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, AN280_27645, AN399_05715, AN400_17270, AN446_25935, AN447_15925, AN451_21855, AN453_22575, AN455_18155, AN456_19070, AN457_11175, AN458_15745, AN460_27980, AN462_17515, AOD73_08535, ...遺伝子: lecB, AN280_27645, AN399_05715, AN400_17270, AN446_25935, AN447_15925, AN451_21855, AN453_22575, AN455_18155, AN456_19070, AN457_11175, AN458_15745, AN460_27980, AN462_17515, AOD73_08535, AOX61_23230, AOX62_26425, APG03_22020, APG04_23970, APG05_03535, APG06_28020, APG07_27985, ATC05_02360, ERS445055_01627, PA8380_17510, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_00423, PAMH19_1713, PAO1OR1608
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド DLS-LYS-CYS-LYS-LEU-CYS-LYS-LYS-NH2


分子量: 1048.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O6
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M Sodium Acetate 30 w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→48.273 Å / Num. obs: 31514 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.33 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 6.13
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4900 / CC1/2: 0.727 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CE8

4ce8


解像度: 1.89→48.273 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 22.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 2947 4.98 %
Rwork0.1828 --
obs0.1848 31491 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→48.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3348 0 60 328 3736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8844755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9291987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.889-1.91990.32071100.2822123X-RAY DIFFRACTION75
1.9199-1.9530.30721300.25662659X-RAY DIFFRACTION93
1.953-1.98850.25841370.23792639X-RAY DIFFRACTION93
1.9885-2.02680.2781410.23672689X-RAY DIFFRACTION94
2.0268-2.06820.30181400.22922635X-RAY DIFFRACTION94
2.0682-2.11310.26871430.22492703X-RAY DIFFRACTION94
2.1131-2.16230.22921410.21522660X-RAY DIFFRACTION95
2.1623-2.21640.25091420.21512712X-RAY DIFFRACTION95
2.2164-2.27630.26551420.20532700X-RAY DIFFRACTION95
2.2763-2.34330.27581360.20392618X-RAY DIFFRACTION95
2.3433-2.41890.22761400.19882700X-RAY DIFFRACTION94
2.4189-2.50530.23161410.19682665X-RAY DIFFRACTION94
2.5053-2.60570.2151380.19952621X-RAY DIFFRACTION94
2.6057-2.72420.25581450.18452771X-RAY DIFFRACTION97
2.7242-2.86780.2221500.17512800X-RAY DIFFRACTION99
2.8678-3.04750.20951490.16152797X-RAY DIFFRACTION99
3.0475-3.28270.17511500.15692789X-RAY DIFFRACTION99
3.2827-3.6130.20531440.14362742X-RAY DIFFRACTION97
3.613-4.13560.20681390.14082751X-RAY DIFFRACTION97
4.1356-5.20940.1491380.14082677X-RAY DIFFRACTION95
5.2094-48.28920.18861510.16042807X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9596-0.7016-0.25361.9380.77642.62040.050.0364-0.05820.0776-0.0240.14150.3106-0.2349-0.03040.0992-0.0264-0.00450.1172-0.00660.0981-2.59483.4831-6.9005
27.35970.2654-0.20932.0137.23394.70540.17690.12050.1799-0.2747-0.52840.58250.1271-0.69760.39760.2442-0.0013-0.00180.1682-0.00070.1134-8.99031.9181-1.6507
30.7957-1.07830.11023.89340.92423.20060.0322-0.0538-0.1144-0.07990.04460.12910.2103-0.0881-0.03430.0681-0.03610.01430.13180.00550.1373-3.46475.1473-3.4143
46.63843.945-4.62517.1237-3.50059.9312-0.0564-0.0780.59260.1105-0.02190.9731-0.4045-0.47270.08220.1509-0.0189-0.01860.207-0.00170.2345-15.204313.8814-8.622
50.959-0.0491-0.45960.11490.46631.2005-0.04230.11330.0384-0.0470.0227-0.01030.06-0.08230.01140.0903-0.0159-0.00730.09760.00320.11643.28579.2132-9.5697
67.83913.62531.64812.59491.07552.11310.0909-0.2528-0.0018-0.0683-0.09-0.2381-0.0827-0.056-0.02140.13360.0243-0.01670.0706-0.00460.14278.566423.2445-22.3824
71.7470.47242.12753.12082.40354.60440.04250.1251-0.15-0.21250.1865-0.4098-0.0468-0.0445-0.18940.0679-0.00780.02340.10250.01680.096711.684212.4223-34.1647
82.93811.87491.02048.94172.91151.9332-0.20780.33240.3155-0.3480.35310.2917-0.4859-0.111-0.13150.20970.010.02960.16380.04120.12715.828921.769-33.9079
93.8364-0.8549-1.83124.01353.60756.26670.21250.17750.4183-0.8776-0.40360.0493-0.7017-0.43010.1760.19890.0413-0.04390.12970.03580.14268.573721.2381-37.9714
102.64352.43191.39353.53663.16833.0617-0.06320.0340.1761-0.5112-0.01070.0711-0.21140.2031-0.00320.1006-0.0103-0.00930.10910.01190.094313.897212.0075-36.6545
111.00440.4141-0.25544.45191.53813.3149-0.34290.11810.53770.07740.03320.6757-0.4711-0.43110.36150.12970.0358-0.02890.13570.00240.18876.07322.9741-29.3904
123.89130.9982.05021.62671.31074.1511-0.10580.0214-0.0811-0.0570.109-0.0104-0.1508-0.1712-00.08730.00110.01740.0840.01360.1048.871213.7666-23.7671
131.5405-2.21982.95565.9826-1.61168.1625-0.1785-0.2591-0.0619-0.01620.25540.26430.1497-0.6055-0.0460.11150.00040.01770.14520.00720.0986-0.11233.3227-31.0824
141.4740.6217-0.14781.28680.15560.05950.02780.11990.0578-0.1642-0.0709-0.10590.02280.10540.0580.14480.0049-0.020.09460.02740.08316.45816.8888-26.2566
152.45911.73550.8532.63192.97474.36620.0165-0.0015-0.15290.08410.0903-0.11020.31430.1295-0.07690.12730.01640.00290.10880.04210.117118.5313-3.2641-19.2386
163.6232.584-0.44795.6984-0.25590.8128-0.08510.0477-0.0911-0.09330.0202-0.10510.12570.16130.07010.10930.01360.02010.10820.00890.050126.09734.3645-27.886
176.81844.342-1.08676.3809-3.45533.2779-0.09080.0787-0.21750.07470.16340.06240.515-0.0397-0.11870.2187-0.00730.02050.0782-0.00560.104229.2366-0.6999-30.454
184.1611-2.0462-2.39457.2722.81583.85630.4449-0.06540.9625-0.44240.2226-0.4712-0.45790.076-0.55120.1299-0.01330.05670.19410.03770.187228.559218.2461-31.5783
192.41212.586-0.00817.1119-0.06672.64180.00640.0348-0.0904-0.07190.0337-0.38280.09850.239-0.04690.08280.00090.01010.13150.00640.088521.90532.853-33.3539
201.83330.9261-0.45824.2887-0.34212.19980.081-0.2479-0.28580.1-0.08-0.52480.25090.1408-0.04150.15140.0291-0.00540.118-0.04870.169624.1382-3.8089-22.3352
216.19791.4706-0.60220.4241-0.18620.7738-0.0003-0.24930.0474-0.0428-0.0301-0.00960.00730.03080.05790.12640.0155-0.00820.08970.01050.111419.84216.493-20.0085
224.02781.0966-0.88334.7962-2.47961.3203-0.1636-0.1139-0.04690.55530.0163-0.3032-0.05470.01520.14690.16630.0161-0.01090.1109-0.02450.161430.426616.7729-18.5461
236.20994.18271.37983.63310.35530.69850.0466-0.01940.04570.02240.03290.0292-0.0735-0.0222-0.08620.10630.00280.01670.0611-0.01420.104115.41513.4784-27.2102
240.44130.3425-0.84513.5833-0.6941.60310.0547-0.01710.05380.0862-0.01310.1455-0.07470.0354-0.04090.0671-0.0134-0.04510.1354-0.02870.108214.279214.7354-0.8883
251.3897-1.2209-0.07452.3548-2.37314.6090.1837-0.33590.30780.2686-0.4113-0.2811-0.26980.27740.28010.1137-0.0119-0.00280.2226-0.03010.181518.068216.46526.9358
262.11371.2487-0.64664.9188-1.73431.5339-0.0083-0.12370.03030.1597-0.0253-0.1199-0.10650.12070.05570.1010.0095-0.01090.1225-0.02710.076313.925213.44443.8208
270.37530.152-0.62641.6362-0.55091.59820.002-0.20980.16030.00010.057-0.1562-0.00730.0963-0.03180.0849-0.0175-0.01080.1047-0.02550.076414.648911.528-6.5543
280.46340.362-0.5060.3262-0.20491.0345-0.02190.0553-0.1406-0.0848-0.01550.01260.01820.12820.06880.11380.003-0.02230.1551-0.02750.124114.16227.1535-2.0221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 12 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 13 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 34 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 35 through 42 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 43 through 56 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 57 through 69 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 70 through 95 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 96 through 104 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 105 through 114 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 12 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 13 through 34 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 35 through 42 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 43 through 47 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 48 through 56 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 57 through 68 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 69 through 95 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 96 through 104 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 105 through 114 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 25 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 26 through 42 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 43 through 69 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 70 through 95 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 96 through 114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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