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- PDB-5i6d: Mycobacterium tuberculosis CysM in complex with the Urea-scaffold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6d
タイトルMycobacterium tuberculosis CysM in complex with the Urea-scaffold inhibitor 5 [3-(3-(p-Tolyl)ureido) benzoic acid]
要素O-phosphoserine sulfhydrylase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Cysteine synthase (システインシンターゼ) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / inhibitor (酵素阻害剤) / transferase (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


[CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
システインシンターゼ / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-{[(4-methylphenyl)carbamoyl]amino}benzoic acid / ピリドキサールリン酸 / O-phosphoserine sulfhydrylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Schnell, R. / Maric, S. / Schneider, G.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Inhibitors of the Cysteine Synthase CysM with Antibacterial Potency against Dormant Mycobacterium tuberculosis.
著者: Brunner, K. / Maric, S. / Reshma, R.S. / Almqvist, H. / Seashore-Ludlow, B. / Gustavsson, A.L. / Poyraz, O. / Yogeeswari, P. / Lundback, T. / Vallin, M. / Sriram, D. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoserine sulfhydrylase
B: O-phosphoserine sulfhydrylase
C: O-phosphoserine sulfhydrylase
D: O-phosphoserine sulfhydrylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,15014
ポリマ－138,8964
非ポリマー2,25410
水16,069892
1
A: O-phosphoserine sulfhydrylase
B: O-phosphoserine sulfhydrylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6678
ポリマ－69,4482
非ポリマー1,2196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
2
C: O-phosphoserine sulfhydrylase
D: O-phosphoserine sulfhydrylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4836
ポリマ－69,4482
非ポリマー1,0354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.552, 76.373, 80.865
Angle α, β, γ (deg.)94.57, 108.24, 107.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
O-phosphoserine sulfhydrylase / / OPS sulfhydrylase / CysO-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthase B / CSase ...OPS sulfhydrylase / CysO-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthase B / CSase B / O-phosphoserine-specific cysteine synthase / [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase


分子量: 34724.117 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A, K51:PLP-bound Lysine / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CysM, OPS dependent cysteine synthase, covalently bound PLP cofactor at Lys51
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cysM, Rv1336, MTCY130.21 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WP53, [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-AU6 / 3-{[(4-methylphenyl)carbamoyl]amino}benzoic acid


分子量: 270.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14N2O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % / 解説: needle / rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M MES pH 6, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91843 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→47.7 Å / Num. obs: 163557 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DKI

3dki


解像度: 1.64→47.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.904 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18606 8180 5 %RANDOM
Rwork0.16343 ---
obs0.16457 155374 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.55 Å20.06 Å2-0.32 Å2
2--0.88 Å2-0.85 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8922 0 92 892 9906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0199222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.98812557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8553.00220144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55551175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2722.812377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.354151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.191584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7642.4214724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7642.4214723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6673.625891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6663.625892
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4042.7424498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4032.7424498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.763.9976667
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.92821.08111110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.92821.08411111
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.681 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 543 5 %
Rwork0.271 10978 -
obs--92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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