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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i22 | ||||||
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タイトル | Amphiphysin SH3 in complex with Chikungunya virus nsP3 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / SH3 domain (SH3ドメイン) / function: protein binding Chikungunya virus nsP3 peptide / function: viral replication | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / negative regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / lipid tube assembly / RNA polymerase II transcription repressor complex / T-tubule organization / regulation of cell cycle process / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / varicosity ...lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / negative regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / lipid tube assembly / RNA polymerase II transcription repressor complex / T-tubule organization / regulation of cell cycle process / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / varicosity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / axon initial segment / nucleus localization / cerebellar mossy fiber / positive regulation of astrocyte differentiation / host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / ランヴィエの絞輪 / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / I band / RNA polymerase binding / regulation of neuron differentiation / clathrin binding / positive regulation of actin filament polymerization / endosome to lysosome transport / nucleus organization / regulation of cytoskeleton organization / regulation of heart rate by cardiac conduction / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of endocytosis / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / synaptic vesicle endocytosis / 7-methylguanosine mRNA capping / axon terminus / cysteine-type peptidase activity / 横行小管 / cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / tau protein binding / phospholipid binding / Z disc / エンドサイトーシス / actin filament binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / マイクロフィラメント / シナプス小胞 / GTPase binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / Clathrin-mediated endocytosis / 核膜 / protein-folding chaperone binding / protease binding / vesicle / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / エンドソーム / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / positive regulation of apoptotic process / RNA依存性RNAポリメラーゼ / 神経繊維 / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / 樹状突起 / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Tossavainen, H. / Aitio, O. / Hellman, M. / Saksela, K. / Permi, P. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Structural Basis of the High Affinity Interaction between the Alphavirus Nonstructural Protein-3 (nsP3) and the SH3 Domain of Amphiphysin-2. 著者: Tossavainen, H. / Aitio, O. / Hellman, M. / Saksela, K. / Permi, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i22.cif.gz | 595.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i22.ent.gz | 510.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i22 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9356.412 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 fragment, UNP residue 513-593 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIN1, AMPHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00499 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1938.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JUX6*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] amphiphysin 2 SH3, 0.5 mM [U-13C; U-15N] CHIKV nsP3 peptide, 90% H2O/10% D2O Label: sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | Ionic strength units: Not defined / Label: conditions / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 20 |