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- PDB-5hyp: Structure of human C4b-binding protein alpha cain CCP domains 1 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyp
タイトルStructure of human C4b-binding protein alpha cain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M28 protein
要素
  • C4b-binding protein alpha chain
  • M28 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / M protein / Complement / Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / Hypervariable antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / 細胞壁 / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / 自然免疫系 ...regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / 細胞壁 / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / 自然免疫系 / extracellular space / RNA binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / M protein-type anchor domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / YSIRK type signal peptide / Sushi repeat (SCR repeat) ...C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / M protein-type anchor domain / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / YSIRK type signal peptide / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C4b-binding protein alpha chain / M protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.024 Å
データ登録者Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007240 米国
American Heart Association14PRE18320032 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI096837 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI077780 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Conserved patterns hidden within group A Streptococcus M protein hypervariability recognize human C4b-binding protein.
著者: Buffalo, C.Z. / Bahn-Suh, A.J. / Hirakis, S.P. / Biswas, T. / Amaro, R.E. / Nizet, V. / Ghosh, P.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4b-binding protein alpha chain
B: M28 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3572
ポリマ－26,3572
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.192, 133.192, 133.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP


分子量: 14163.894 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#2: タンパク質 M28 protein


分子量: 12193.425 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-141 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: emm28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W0T1Y4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→44.397 Å / Num. obs: 8361 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.48 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.02→3.07 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HYU

5hyu


解像度: 3.024→44.397 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 770 9.95 %
Rwork0.2512 --
obs0.2549 7741 92.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.024→44.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1215 0 0 0 1215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3071686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.276453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.024-3.21340.38611090.3333975X-RAY DIFFRACTION81
3.2134-3.46140.35951190.27941062X-RAY DIFFRACTION86
3.4614-3.80960.29751240.23331149X-RAY DIFFRACTION93
3.8096-4.36040.25241330.20921178X-RAY DIFFRACTION95
4.3604-5.4920.25641360.23331254X-RAY DIFFRACTION99
5.492-44.40210.29071490.27061353X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.88581.1018-0.98534.91115.12877.89820.2794-1.05481.660.33150.0831.2919-1.4889-1.1684-0.56271.36610.52920.18041.0792-0.05721.2961-34.8990.4991-12.8404
28.787-5.9937-3.46964.11833.90328.95730.57540.98920.6516-1.95180.0404-0.92250.4493-0.422-0.85291.31570.02820.17040.510.12760.7434-19.8976-14.7573-35.4819
37.1161-2.1415-5.412410.81583.32773.3232-0.04740.7724-0.75760.6127-0.4959-1.10014.0849-0.70190.72281.59560.20430.05440.7794-0.01130.6889-17.4871-24.0758-35.0855
47.37910.7599-3.79185.22113.06589.1043-0.0357-1.05910.20191.4939-0.0587-0.45350.18740.84740.06861.73120.0085-0.02360.62570.05990.6058-14.5282-0.795-29.051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 59 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 86 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 55 through 83 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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