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- PDB-5huf: The crystal structure of hemagglutinin from A/gyrfalcon/Washingto... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5huf | |||||||||
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Title | The crystal structure of hemagglutinin from A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014 influenza virus | |||||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yang, H. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Stevens, J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Characterizations of Surface Proteins Hemagglutinin and Neuraminidase from Recent H5Nx Avian Influenza Viruses. Authors: Yang, H. / Carney, P.J. / Mishin, V.P. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Wentworth, D.E. / Gubareva, L.V. / Stevens, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 602.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 503.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 37787.930 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8) / Gene: HA / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 20838.119 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8) / Gene: HA / Production host: ![]() ![]() #3: Polysaccharide | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.26 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: microbatch Details: 0.1M Sodium Citrate: Citric acid, pH 5.5, 20% PEG (w/v) 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.81→50 Å / Num. obs: 53667 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 5.2 % / Net I/σ(I): 12.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.81→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 39.756 / SU ML: 0.321 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.623 / ESU R Free: 0.363 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.14 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.81→49.66 Å
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Refine LS restraints |
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