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万見
- PDB-5hu3: Drosophila CaMKII-D136N in complex with a phosphorylated fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hu3
タイトルDrosophila CaMKII-D136N in complex with a phosphorylated fragment of the Eag potassium channel and Mg2+/ADP
要素
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain
  • Potassium voltage-gated channel protein eagVoltage-gated potassium channel
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / protein kinase (プロテインキナーゼ) / potassium channel (カリウムチャネル) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perineurial glial growth / regulation of ovulation / Ca2+ pathway / Ion transport by P-type ATPases / RAF activation / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / behavioral response to ether ...perineurial glial growth / regulation of ovulation / Ca2+ pathway / Ion transport by P-type ATPases / RAF activation / positive regulation of synaptic transmission, dopaminergic / HSF1-dependent transactivation / Ion homeostasis / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / courtship behavior / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / peptidyl-threonine autophosphorylation / male courtship behavior / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of filopodium assembly / voltage-gated monoatomic cation channel activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of heart contraction / negative regulation of cytokine production / neuromuscular junction development / presynaptic active zone / voltage-gated potassium channel activity / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / long-term memory / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / cellular response to starvation / regulation of membrane potential / 学習 / potassium ion transport / sensory perception of smell / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / learning or memory / calmodulin binding / neuron projection / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Potassium channel, voltage-dependent, EAG / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain / Potassium voltage-gated channel protein eag
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.885 Å
データ登録者Castro-Rodrigues, A.F. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: The Interaction between the Drosophila EAG Potassium Channel and the Protein Kinase CaMKII Involves an Extensive Interface at the Active Site of the Kinase.
著者: Castro-Rodrigues, A.F. / Zhao, Y. / Fonseca, F. / Gabant, G. / Cadene, M. / Robertson, G.A. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain
B: Potassium voltage-gated channel protein eag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1214
ポリマ－37,6702
非ポリマー4522
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.907, 59.217, 70.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II alpha chain / CaM-kinase II alpha chain


分子量: 32180.680 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-283 / 変異: D136N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Constitutively active CaMKII kinase domain construct
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CaMKII, CaM, CG18069 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q00168, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel protein eag / Voltage-gated potassium channel / Ether-a-go-go protein


分子量: 5488.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 768-820 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Eag construct including the CaMKII-binding motif
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: eag, CG10952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02280
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 19% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 0.2 M ammonium acetate, 5 mM magnesium chloride, 0.8 mM ADP
PH範囲: 5.0 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→30.075 Å / Num. all: 26540 / Num. obs: 26540 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.034 / Net I/av σ(I): 15.324 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 87981
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.882.40.5721.4585424120.4550.7360.5721.591
1.88-1.9530.4791.6739224760.3310.5850.4792.697.3
1.95-2.033.50.3282.4857024370.2060.3880.328499.2
2.03-2.133.40.2233.5801823380.1420.2650.2236.299.3
2.13-2.233.50.1495.2788522430.0930.1760.1498.199.6
2.23-2.353.40.1027.6706120950.0670.1220.1021297.2
2.35-2.493.50.07510.3716820470.0470.0890.07514.599.7
2.49-2.663.50.05314.2664618950.0330.0620.0531999.6
2.66-2.883.50.03719.8624817970.0230.0440.03725.699.9
2.88-3.153.50.02724.2570816230.0170.0320.0273599.7
3.15-3.523.40.02426514314920.0150.0280.02443.299.5
3.52-4.073.40.02128.9437412970.0130.0250.02151.598.9
4.07-4.983.30.02129.7369811140.0130.0250.02156.198.9
4.98-7.053.40.01637.829458710.010.0190.01655.699.3
7.05-30.0753.20.01442.712714030.0090.0170.01457.681.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.885→30.075 Å / FOM work R set: 0.7364 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1211 5.04 %
Rwork0.1918 22823 -
obs0.1936 24034 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.44 Å2 / Biso mean: 48.66 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.885→30.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2257 0 28 79 2364
Biso mean--39.13 41.4 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3473241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.628878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.885-1.96050.42011260.39742462258896
1.9605-2.04970.35281320.27712560269299
2.0497-2.15770.31761310.28352517264899
2.1577-2.29280.30351320.25482511264397
2.2928-2.46980.22991300.213725592689100
2.4698-2.71820.24971460.209625332679100
2.7182-3.11120.20321460.189325732719100
3.1112-3.91840.21161320.16692574270699
3.9184-30.07830.18261360.14512534267096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.885-0.00020.50425.16510.13225.35430.0219-0.1962-0.07290.587-0.3379-0.18820.04760.11230.22410.169-0.05050.03170.33290.04110.31711.88059.5317-6.3974
21.87870.8567-0.64014.78420.20065.2232-0.12860.11160.0388-1.3099-0.20530.5514-0.2218-0.53610.21580.45140.0641-0.12150.3007-0.05160.3368-4.642413.1823-26.2282
34.4333-0.3829-1.09879.63193.88337.32550.082-0.42580.0259-0.4274-0.1316-0.9392-0.82490.6240.04470.3094-0.06440.00160.33650.13060.36056.065117.9011-20.3317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 130 )A7 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 272 )A131 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 780 through 795 )B780 - 795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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