+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5htg | ||||||
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Title | Structure of apo P1 form of Candida albicans FKBP12 | ||||||
Components | FK506-binding protein 1 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / FKBP12 / pathogenic fungi / calcineurin | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of homoserine biosynthetic process / fungal biofilm matrix / macrolide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / chromatin organization / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Schumacher, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2016 Title: Structures of Pathogenic Fungal FKBP12s Reveal Possible Self-Catalysis Function. Authors: Tonthat, N.K. / Juvvadi, P.R. / Zhang, H. / Lee, S.C. / Venters, R. / Spicer, L. / Steinbach, W.J. / Heitman, J. / Schumacher, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5htg.cif.gz | 107.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5htg.ent.gz | 83.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5htg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5htg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5htg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ht1C 5huaC 5hw6C 5hw7C 5hw8C 5hwbC 5hwcC 5i98C 5j6eC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13062.796 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast) Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P28870, peptidylprolyl isomerase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / Details: PEG 4000, tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: OTHER / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 12, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→18 Å / Num. obs: 18999 / % possible obs: 85 % / Redundancy: 1.4 % / Net I/σ(I): 5 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→18 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.435 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.32 Å2 / Biso mean: 20.0067 Å2 / Biso min: 2.77 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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