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- PDB-5hqm: Structure function studies of R. palustris RubisCO (R. palustris/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hqm
タイトルStructure function studies of R. palustris RubisCO (R. palustris/R. rubrum chimera)
要素Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE (リアーゼ) / RubisCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / hexamer (オリゴマー)
機能・相同性
機能・相同性情報


リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily ...Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / : / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Satagopan, S. / Tabita, F.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095742 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure function studies of R. palustris RubisCO.
著者: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Tabita, F.R.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5578
ポリマ－106,7182
非ポリマー8396
水7,530418
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,67124
ポリマ－320,1546
非ポリマー2,51718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.120, 165.120, 95.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO


分子量: 53358.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌), (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 遺伝子: cbbM, cbbL2, rbpL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6N0W9, UniProt: P04718, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: 糖 ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir solution: 0.4 M Sodium phosphate monobasic/1.6 M Potassium phosphate dibasic, 0.1 M Imidazole (pH 8.0), 0.2 M NaCl. Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% ...詳細: Reservoir solution: 0.4 M Sodium phosphate monobasic/1.6 M Potassium phosphate dibasic, 0.1 M Imidazole (pH 8.0), 0.2 M NaCl. Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→82.56 Å / Num. obs: 76203 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.61 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 17.19 / Num. measured all: 386908
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.9-1.955.10.8690.6112.3427709563155000.68297.7
1.95-20.9270.4333.3928296553155250.48399.9
2-2.060.9490.3574.0725792536053530.40199.9
2.06-2.120.9690.285.3227359524152380.31299.9
2.12-2.190.9760.2376.3526958503150280.26399.9
2.19-2.270.9850.1828.0225889490448990.20399.9
2.27-2.350.9890.1499.8324519469246900.166100
2.35-2.450.9920.12311.7622970456245550.13799.8
2.45-2.560.9940.10313.4420902431443030.11699.7
2.56-2.680.9960.0916.0422468418841880.099100
2.68-2.830.9970.07219.720685393039220.0899.8
2.83-30.9980.05723.8519258376337470.06499.6
3-3.210.9980.04628.4916635349234690.05199.3
3.21-3.470.9990.03734.8716225331132920.04299.4
3.47-3.80.9990.03340.1815004297629730.03799.9
3.8-4.240.9990.03143.5313365273327260.03499.7
4.24-4.90.9990.02843.8810528238323420.03298.3
4.9-60.9990.02846.110420204820450.03299.9
6-8.490.9990.02647.057596155615490.02999.6
8.49-82.560.9990.02351.5543308638590.02699.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LF1

4lf1


解像度: 1.95→82.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9384 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 7040 10 %RANDOM
Rwork0.1672 ---
obs0.1697 70396 99.74 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.37 Å2 / Biso mean: 45.15 Å2 / Biso min: 20.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.528 Å20 Å20 Å2
2--8.528 Å20 Å2
3----17.056 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→82.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6945 0 64 418 7427
Biso mean--47.58 44.57 -
残基数----913
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3796SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes164HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2119HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13694HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion922SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15525SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13706HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg24574HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.88
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 520 9.99 %
Rwork0.1931 4683 -
all0.1961 5203 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97660.02710.17020.91460.13480.2870.0007-0.12610.34820.07650.0498-0.2716-0.07560.045-0.0505-0.1075-0.01950.0173-0.1247-0.08570.02415.151327.698229.9579
21.00980.04310.13860.96770.27570.4507-0.0040.03630.1008-0.06520.0686-0.4319-0.06430.1484-0.0645-0.1346-0.01790.0143-0.1062-0.03890.045530.27166.945120.2168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 461
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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