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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hp6
タイトルStructure of AbnA, a GH43 extracellular arabinanase from Geobacillus stearothermophilus (a new conformational state)
要素Extracellular arabinanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / arabinanase / GH43 / extracellular / Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Atrophied bacterial Ig domain / Atrophied bacterial Ig domain / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Extracellular arabinanase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Lansky, S. / Salama, R. / Shwartstien, O. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of AbnA, a GH43 extracellular arabinanase from Geobacillus stearothermophilus (a new conformational state)
著者: Lansky, S. / Salama, R. / Shwartstien, O. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4405
ポリマ－94,1321
非ポリマー3084
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.847, 82.641, 132.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Extracellular arabinanase


分子量: 94131.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: abnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3EYN2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 17%-19% PEG 6K, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES buffer, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.093→48.93 Å / Num. obs: 45306 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.34 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.093→2.33 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HO0

5ho0


解像度: 2.093→48.925 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 2093 4.62 %
Rwork0.1924 --
obs0.1952 45306 94.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.093→48.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6268 0 17 275 6560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1368827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4092271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0929-2.14160.42091030.32032122X-RAY DIFFRACTION71
2.1416-2.19520.31781230.29342531X-RAY DIFFRACTION84
2.1952-2.25450.53081180.39252441X-RAY DIFFRACTION82
2.2545-2.32080.34341270.28172619X-RAY DIFFRACTION87
2.3208-2.39580.32921440.23952971X-RAY DIFFRACTION99
2.3958-2.48140.28581450.22212990X-RAY DIFFRACTION100
2.4814-2.58070.29161450.22463011X-RAY DIFFRACTION100
2.5807-2.69820.29951470.22743024X-RAY DIFFRACTION100
2.6982-2.84040.31721450.2213001X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-3.01830.27791470.2183030X-RAY DIFFRACTION100
3.0183-3.25140.29661460.21333023X-RAY DIFFRACTION100
3.2514-3.57850.22781480.19013062X-RAY DIFFRACTION100
3.5785-4.0960.25011480.16743059X-RAY DIFFRACTION99
4.096-5.15970.16471500.13693092X-RAY DIFFRACTION100
5.1597-48.93840.19691570.15043234X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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