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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hox | ||||||
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タイトル | X-ray crystallographic structure of an A-beta 17_36 beta-hairpin. Synchrotron data set. (LVFFAEDCGSNKCAII(SAR)LMV). | ||||||
要素 | Amyloid beta A4 protein | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / amyloid (アミロイド) / oligomer (オリゴマー) / beta-hairpin (Βヘアピン) / Alzheimer's (アルツハイマー病) / PROTEIN FIBRIL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein serine/threonine kinase binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / : / nuclear envelope lumen / suckling behavior / presynaptic active zone / dendrite development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / 小胞体 / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / クラスリン / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / forebrain development / Notchシグナリング / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / neuron projection maintenance / positive regulation of protein metabolic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / platelet alpha granule lumen / locomotory behavior / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / dendritic shaft / 学習 / positive regulation of interleukin-1 beta production / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuromuscular junction / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / エンドサイトーシス / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of interleukin-6 production / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell junction / シナプス小胞 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S. / Spencer, R.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016 タイトル: X-ray Crystallographic Structures of a Trimer, Dodecamer, and Annular Pore Formed by an A beta 17-36 beta-Hairpin. 著者: Kreutzer, A.G. / Hamza, I.L. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hox.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hox.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/5hox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/5hox | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2259.730 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 687-707 / 変異: V24C, G29C, G33Sar / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067 #2: 化合物 | ChemComp-JEF / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.9 % / 解説: Hexagonal pyramid |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1 M HEPES Buffer, 29% (v/v) Jeffamine M-600 / PH範囲: 6.5 - 7.5 / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.998 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30.35 Å / Num. obs: 22069 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01344 / Net I/σ(I): 13.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.9116 / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HOW 解像度: 1.9→30.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 29.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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