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- PDB-5hon: Structure of Domain 4 of AbnA, a GH43 extracellular arabinanase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hon
タイトルStructure of Domain 4 of AbnA, a GH43 extracellular arabinanase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with arabinotriose
要素Extracellular arabinanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GH43 / arabinanase / arabinotriose / Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Atrophied bacterial Ig domain / Atrophied bacterial Ig domain / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular arabinanase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Lansky, S. / Azoulai, D. / Shwartstien, O. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Domain 4 of AbnA, a GH43 extracellular arabinanase from Geobacillus stearothermophilus, in complex with arabinotriose
著者: Lansky, S. / Azoulai, D. / Shwartstien, O. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2016年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular arabinanase
B: Extracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4256
ポリマ－45,5162
非ポリマー9094
水7,134396
1
A: Extracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2123
ポリマ－22,7581
非ポリマー4542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Extracellular arabinanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2123
ポリマ－22,7581
非ポリマー4542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.408, 77.150, 68.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Extracellular arabinanase


分子量: 22757.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: abnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3EYN2
#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a211h-1a_1-4]/1-1-1/a5-b1_b5-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22-24.5% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5-6 / PH範囲: 5.5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 24952 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 65.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HO0

4ho0


解像度: 2.001→37.749 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 1301 5.23 %
Rwork0.1637 --
obs0.1663 24889 93.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→37.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 58 396 3633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.031155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0009-2.0810.2827940.20652026X-RAY DIFFRACTION68
2.081-2.17570.25441200.19552528X-RAY DIFFRACTION87
2.1757-2.29030.3421980.27222285X-RAY DIFFRACTION77
2.2903-2.43380.22661510.17452772X-RAY DIFFRACTION95
2.4338-2.62150.25061390.17782844X-RAY DIFFRACTION95
2.6215-2.88510.1741580.16572773X-RAY DIFFRACTION95
2.8851-3.3020.18011880.15132784X-RAY DIFFRACTION94
3.302-4.15780.1561340.14062756X-RAY DIFFRACTION93
4.1578-27.39670.16341650.13452862X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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