PDB-5hkb: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hkb

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to the inhibitor KB2115

要素

CFTR Inhibitory Factor (Cif)

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Bacterial Epoxide Hydrolase / Inhibitor / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Potent and Selective Inhibitors of an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Kitamura, S. / Hvorecny, K.L. / Niu, J. / Hammock, B.D. / Madden, D.R. / Morisseau, C.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hkb.cif.gz	497.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hkb.ent.gz	408 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hkb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hkb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hk9C 5hkaC 3kb2S 3kd2 4yx9 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hk9-1 5tne-1 5tnl-1 4dm7-2 5tnm-1 5tni-2 5tnf-1 4dnf-1 5tnh-2 5hka-2 5hk9-2 4dm7-1 4dmh-2 3kda-2 4dmc-1 3kd2-2 5tnj-1 4dmk-2 4dno-1 3pi6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

B: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

C: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

D: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

B: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

D: CFTR Inhibitory Factor (Cif)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.168, 169.494, 175.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-720- HOH
2	1	D-855- HOH

#1: タンパク質	CFTR Inhibitory Factor (Cif) 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pDPM73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-64L / KB2115 / 3-({3,5-dibromo-4-[4-hydroxy-3-(propan-2-yl)phenoxy]phenyl}amino)-3-oxopropanoic acid / KB-2115 分子量: 487.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇Br₂NO₅
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000, Calcium Chloride, Sodium Acetate, Dimethylsulfoxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.921 Å / Num. obs: 150068 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 21.76
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 7.22 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XSCALE	January 10, 2014	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KB2

3kb2

解像度: 1.65→19.921 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	7518	5.01 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1908	150014	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.331 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3607 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4636 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.8243 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9492	0	120	1413	11025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10041
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.161	13661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.741	3693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6687	0.2453	376	0.2358	4558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6687-1.6884	10000000	0	0.2198	5009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.7089	0.2672	376	0.2248	4541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7089-1.7306	0.2679	376	0.2242	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7533	10000000	0	0.2146	4998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7533-1.7773	0.2633	376	0.2119	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7773-1.8027	0.245	376	0.2023	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8027-1.8296	10000000	0	0.199	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8296-1.8582	0.2285	376	0.194	4574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8582-1.8886	0.231	376	0.1879	4594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8886-1.9211	10000000	0	0.2001	4937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9211-1.956	0.2246	376	0.1877	4601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-1.9936	0.2242	376	0.1879	4604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9936-2.0343	10000000	0	0.1891	4973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0343-2.0785	0.2157	375	0.1879	4615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0785-2.1268	0.1971	375	0.1891	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1268-2.1799	10000000	0	0.1878	4997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1799-2.2388	0.2175	376	0.1876	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2388-2.3045	0.2244	376	0.1912	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.3788	10000000	0	0.1798	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3788-2.4637	0.1912	376	0.1824	4616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4637-2.5621	0.2106	376	0.1883	4652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5621-2.6785	10000000	0	0.1809	4983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6785-2.8193	0.197	376	0.1743	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8193-2.9954	0.1858	376	0.1801	4639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9954-3.2258	10000000	0	0.1798	5064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2258-3.5488	0.1922	376	0.1718	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5488-4.0585	0.1888	376	0.1715	4698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0585-5.0991	10000000	0	0.1625	5102	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0991-19.9229	0.2511	376	0.254	4870	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4949	-0.0313	0.025	0.4677	0.1486	0.5805	-0.0107	-0.0207	-0.0255	0.046	0.0118	-0.0386	0.0318	0.0545	0.0029	0.0387	-0.0084	-0.0007	0.0315	0.0132	0.024	16.601	-22.0094	202.8195
2	0.8419	0.3491	0.0264	0.9572	-0.0828	0.35	0.0031	0.0376	0.0124	-0.0283	-0.0053	0.129	0.0126	-0.0407	0.002	0.0326	-0.0166	0.0041	0.0391	-0.012	0.0419	-23.157	-31.3901	191.1672
3	0.6142	-0.1534	0.0014	0.5066	0.0296	0.5222	-0.0181	-0.0186	0.0536	0.0307	0.0053	0.0531	-0.0159	-0.0499	-0.0027	0.0263	-0.0101	0.0131	0.0311	0.0056	0.0353	-16.4984	5.4778	202.7093
4	0.6869	0.3374	-0.1074	0.8958	0.1826	0.382	-0.0049	0.0057	0.1088	-0.0285	0.0294	-0.0434	-0.0113	0.022	-0.0051	0.0304	-0.0208	0.0129	0.0239	0.0366	-0.0064	23.3381	14.9332	191.1087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:321)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:321)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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