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Yorodumi- PDB-3kda: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H269... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kda | ||||||
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Title | Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the H269A mutation | ||||||
Components | CFTR inhibitory factor (Cif) | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Bahl, C.D. / Madden, D.R. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2010 Title: Crystal structure of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator inhibitory factor Cif reveals novel active-site features of an epoxide hydrolase virulence factor. Authors: Bahl, C.D. / Morisseau, C. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / O'Toole, G.A. / Madden, D.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kda.cif.gz | 479.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kda.ent.gz | 392.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kda.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kda | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34097.633 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H269A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Secreted protein Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (bacteria) Strain: PA14 / Gene: PA14_26090 / Plasmid: pDMP77 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 20% PEG 8000, 0.55M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.9464 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 27, 2007 / Details: Toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9464 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→45.98 Å / Num. all: 193185 / Num. obs: 192680 / % possible obs: 99.7 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.59 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: initial model obtained from SAD with selenomethionine labeled Cif Resolution: 1.5→30.722 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / Phase error: 16.38 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.589 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.76 Å2 / Biso mean: 14.536 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→30.722 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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