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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hjf | ||||||
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タイトル | The apo form of Dps4 from Nostoc punctiforme | ||||||
要素 | Ferritin, Dps family proteinフェリチン | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ferredoxin (フェレドキシン) / oxidative stress (酸化ストレス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc punctiforme (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: On the trail of iron and zinc bindning to Dps4 from N. punctiforme 著者: Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hjf.cif.gz | 421 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hjf.ent.gz | 352.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hjf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20948.359 Da / 分子数: 4 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 遺伝子: Npun_R5799 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J981 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 % / 解説: Long rod-like crystals |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% SOKALAN HP 66, 0.1 M HEPES pH 7.0 and 0.2 M NaOAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984002 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月12日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.984002 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.59→48.75 Å / Num. obs: 115112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 18.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 1174206 / Scaling rejects: 56 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→48.107 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.08 Å2 / Biso mean: 23.258 Å2 / Biso min: 11.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.59→48.107 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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