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- PDB-5hek: crystal structure of M1.HpyAVI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hek
タイトルcrystal structure of M1.HpyAVI
要素Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / M1.HpyAVI
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ma, B. / Zhang, H. / Liu, W.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2016
タイトル: Biochemical and structural characterization of a DNA N6-adenine methyltransferase from Helicobacter pylori
著者: Ma, B. / Ma, J. / Liu, D. / Guo, L. / Chen, H. / Ding, J. / Liu, W. / Zhang, H.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
B: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
C: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
D: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8474
ポリマ－112,8474
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area35040 Å2
2
A: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
C: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4232
ポリマ－56,4232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
3
B: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)
D: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4232
ポリマ－56,4232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.725, 69.725, 532.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)


分子量: 28211.697 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O24891

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.4 M ammonium tartrate / PH範囲: 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.093 Å / Num. obs: 27750 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G60

1g60


解像度: 3→49.093 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3083 1257 4.61 %
Rwork0.2508 --
obs0.2534 27243 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 0 0 6166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4088515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9852361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.12010.34011390.27652865X-RAY DIFFRACTION100
3.1201-3.26210.36511380.27842850X-RAY DIFFRACTION100
3.2621-3.4340.33371390.29092862X-RAY DIFFRACTION100
3.434-3.64910.41121400.32642908X-RAY DIFFRACTION99
3.6491-3.93070.42771150.33342368X-RAY DIFFRACTION82
3.9307-4.32610.27751410.23412931X-RAY DIFFRACTION100
4.3261-4.95160.25211430.18392956X-RAY DIFFRACTION100
4.9516-6.23650.28161460.21673026X-RAY DIFFRACTION100
6.2365-49.09980.25151560.23293220X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.0304 Å / Origin y: 17.0395 Å / Origin z: -33.3439 Å
111213212223313233
T0.359 Å20.1603 Å20.0138 Å2-0.1959 Å20.0004 Å2--0.263 Å2
L0.1747 °20.1108 °2-0.0151 °2-0.2256 °20.0108 °2--0.5207 °2
S-0.0733 Å °-0.103 Å °-0.0095 Å °-0.0014 Å °0.0843 Å °-0.0144 Å °0.0038 Å °0.0261 Å °-0.0149 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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