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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o87 | ||||||
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Title | Crystal structure of a N-tagged Nuclease | ||||||
![]() | N-tagged Nuclease | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Shuman, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure, mechanism, and specificity of a eukaryal tRNA restriction enzyme involved in self-nonself discrimination. Authors: Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Jalan, R. / Shuman, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 294.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 241.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36309.824 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.52 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 100 mM Sodium citrate, 3 - 3.5 M Ammonium sulfate, 100 mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 130 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→38.53 Å / Num. all: 66634 / Num. obs: 66634 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 9999 / Observed criterion σ(I): 9999 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→38.532 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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