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Yorodumi- PDB-5hd6: High resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier prot... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hd6 | ||||||
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Title | High resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Yersinia pestis at 1.35 A | ||||||
Components | 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis CO92 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: High resolution structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Yersinia pestis at 1.35 A Authors: Chang, C. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hd6.cif.gz | 583 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hd6.ent.gz | 481.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hd6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hd6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3q62S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19526.186 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis CO92 (bacteria) / Gene: fabA, AK38_1122 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A0B6NZG1, UniProt: Q8ZG80*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.16 M magnesium chloride, 0.08 M Tris-HCl, 24 % PEG 4000, 20 % glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. obs: 241931 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 9.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.917 / Net I/av σ(I): 17.972 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 521903 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3Q62 Resolution: 1.35→26.915 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 16.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.41 Å2 / Biso mean: 14.704 Å2 / Biso min: 4.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.35→26.915 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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