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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h3l | ||||||
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タイトル | Structure of methylglyoxal synthase crystallised as a contaminant | ||||||
要素 | Methylglyoxal synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Contaminant | ||||||
機能・相同性 | Methylglyoxal synthase-like domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ギ酸 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hatti, K. / Dadireddy, V. / Srinivasan, N. / Ramakumar, S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structure determination of contaminant proteins using the MarathonMR procedure. 著者: Hatti, K. / Biswas, A. / Chaudhary, S. / Dadireddy, V. / Sekar, K. / Srinivasan, N. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h3l.cif.gz | 99.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h3l.ent.gz | 75.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h3l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/5h3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/5h3l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16958.518 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Sodium formate.HCl, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→61.16 Å / Num. all: 30046 / Num. obs: 29980 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 2.179 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.436 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B93 解像度: 2.1→61.165 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→61.165 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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