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- PDB-5glp: Crystal structure of CoXyl43, GH43 beta-xylosidase/alpha-arabinof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glp
タイトルCrystal structure of CoXyl43, GH43 beta-xylosidase/alpha-arabinofuranosidase from a compostmicrobial metagenome in complex with l-arabinose, calcium-bound form
要素Glycoside hydrolase family 43
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside hydrolase family 43
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / alpha-L-arabinopyranose / Glycoside hydrolase family 43
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matsuzawa, T. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Yaoi, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO) 日本
引用
ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of metagenomic beta-xylosidase/ alpha-l-arabinofuranosidase activated by calcium.
著者: Matsuzawa, T. / Kaneko, S. / Kishine, N. / Fujimoto, Z. / Yaoi, K.
#1: ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Screening, identification, and characterization of a GH43 family beta-xylosidase/alpha-arabinofuranosidase from a compost microbial metagenome.
著者: Matsuzawa, T. / Kaneko, S. / Yaoi, K.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 43
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,84511
ポリマ－77,0592
非ポリマー7869
水12,827712
1
A: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9526
ポリマ－38,5301
非ポリマー4225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8935
ポリマ－38,5301
非ポリマー3634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.801, 61.329, 79.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 43 / / beta-xylosidase / alpha-arabinofuranosidase


分子量: 38529.520 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 47-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: coxyl43 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H5BL38
#4: 糖
ChemComp-ARA / alpha-L-arabinopyranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノピラノ-ス / アラビノース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 717分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG 3350, 8% Tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月25日
放射モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 66300 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 16.649 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0124位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GLL

5gll


解像度: 1.8→78.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.009 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17442 3329 5 %RANDOM
Rwork0.15115 ---
obs0.15237 62891 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.221 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→78.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5190 0 48 712 5950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.9417405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.181311141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.12324.173266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.21315810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6331519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9111.9082622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9111.9072621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5842.8533273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5842.8543274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0711.9962817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0711.9962817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8032.9444132
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.6516.5586849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.4616.2286685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 252 -
Rwork0.193 4609 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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